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计算CDS中密码子的数量

已有 3514 次阅读 2017-4-10 22:03 |系统分类:科研笔记| CDS, 密码子

看到一个现金求助的题目：

http://www.timedoo.com/task-id-1194.html

代码如下：

1
   #!/usr/bin/env python
2
   # -*- coding: utf-8 -*-
3
   __author__ = "Sheng-Wei Ma"
4
   
5
   from Bio import SeqIO
6
   from collections import OrderedDict
7
   
8
   records = (r for r in SeqIO.parse('cds.fa', "fasta"))
9
   count_file = open('cds.count.txt', 'w')
10
   fre_file = open('cds.frequency.txt', 'w')
11
   
12
   count_file.writelines('%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%sn' % ('name', 'TTT', 'TTC', 'TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG', 'ATT', 'ATC', 'ATA', 'ATG', 'GTT', 'GTC', 'GTA',
13
         'GTG', 'TAT', 'TAC', 'TAA', 'TAG', 'CAT', 'CAC', 'CAA', 'CAG', 'AAT', 'AAC', 'AAA', 'AAG', 'GAT', 'GAC', 'GAA',
14
         'GAG', 'TCT', 'TCC', 'TCA', 'TCG', 'CCT', 'CCC', 'CCA', 'CCG', 'ACT', 'ACC', 'ACA', 'ACG', 'GCT', 'GCC', 'GCA',
15
         'GCG', 'TGT', 'TGC', 'TGA', 'TGG', 'CGT', 'CGC', 'CGA', 'CGG', 'AGT','AGC', 'AGA', 'AGG', 'GGT', 'GGC', 'GGA', 'GGG'))
16
   fre_file.writelines(
17
       '%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%st%sn' % (
18
       'name', 'TTT', 'TTC', 'TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG', 'ATT', 'ATC', 'ATA', 'ATG', 'GTT', 'GTC', 'GTA',
19
       'GTG', 'TAT', 'TAC', 'TAA', 'TAG', 'CAT', 'CAC', 'CAA', 'CAG', 'AAT', 'AAC', 'AAA', 'AAG', 'GAT', 'GAC', 'GAA',
20
       'GAG', 'TCT', 'TCC', 'TCA', 'TCG', 'CCT', 'CCC', 'CCA', 'CCG', 'ACT', 'ACC', 'ACA', 'ACG', 'GCT', 'GCC', 'GCA',
21
       'GCG', 'TGT', 'TGC', 'TGA', 'TGG', 'CGT', 'CGC', 'CGA', 'CGG', 'AGT', 'AGC', 'AGA', 'AGG', 'GGT', 'GGC', 'GGA',
22
       'GGG'))
23
   
24
   for i in records:
25
       CodonsDict = OrderedDict([('TTT', 0), ('TTC', 0), ('TTA', 0), ('TTG', 0), ('CTT', 0), ('CTC', 0), ('CTA', 0),
26
                                ('CTG', 0), ('ATT', 0), ('ATC', 0),
27
                                ('ATA', 0), ('ATG', 0), ('GTT', 0), ('GTC', 0), ('GTA', 0), ('GTG', 0), ('TAT', 0),
28
                                ('TAC', 0), ('TAA', 0), ('TAG', 0),
29
                                ('CAT', 0), ('CAC', 0), ('CAA', 0), ('CAG', 0), ('AAT', 0), ('AAC', 0), ('AAA', 0),
30
                                ('AAG', 0), ('GAT', 0), ('GAC', 0),
31
                                ('GAA', 0), ('GAG', 0), ('TCT', 0), ('TCC', 0), ('TCA', 0), ('TCG', 0), ('CCT', 0),
32
                                ('CCC', 0), ('CCA', 0), ('CCG', 0),
33
                                ('ACT', 0), ('ACC', 0), ('ACA', 0), ('ACG', 0), ('GCT', 0), ('GCC', 0), ('GCA', 0),
34
                                ('GCG', 0), ('TGT', 0), ('TGC', 0),
35
                                ('TGA', 0), ('TGG', 0), ('CGT', 0), ('CGC', 0), ('CGA', 0), ('CGG', 0), ('AGT', 0),
36
                                ('AGC', 0), ('AGA', 0), ('AGG', 0),
37
                                ('GGT', 0), ('GGC', 0), ('GGA', 0), ('GGG', 0)])
38
       if i.seq.startswith('ATG') and 'N' not in i.seq and 'Y' not in i.seq and 'K' not in i.seq and 'R' not in i.seq and 'M' not in i.seq and 'S' not in i.seq and 'W' not in i.seq:
39
           for j in range(0, len(str(i.seq)), 3):
40
               codon = str(i.seq)[j:j+3]
41
               if codon in CodonsDict.keys():
42
                   CodonsDict[codon] +=1
43
           count_file.writelines('%st' % i.id)
44
           fre_file.writelines('%st' % i.id)
45
           total = sum([CodonsDict[key] for key in CodonsDict.keys()])
46
           print total,
47
           for key in CodonsDict.keys():
48
               count_file.writelines('%st' % CodonsDict[key])
49
               fre_file.writelines('%.2ft' % (CodonsDict[key]/float(total)))
50
           count_file.writelines('n')
51
           fre_file.writelines('n')
52
   count_file.close()
53
   fre_file.close()
54




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