新闻追踪

Ø  DataCite已注册320万个DOI名称

[2014-04-03]

来源系统/资源/机构：DataCite

URL：http://www.datacite.org/node/120

目前为止，Datacite已注册了320万个DOIs。其中，DOI 为10.5517/CCPHZ37的注册数据集是一个来自英国剑桥晶体数据中心的晶体结构。

Ø  DataCite接受4位新正式成员

[2014-03-31]

来源系统/资源/机构：DataCite

URL：http://www.datacite.org/node/116

2014年3月25日，在都柏林召开的全体大会上，DataCite接受了4位新的正式成员，分别是来自爱沙尼亚的塔尔图大学（University of Tartu，UT）、南非环境观测网络（SouthAfrican Environmental Observation Network，SAEON）、日本联接中心（JapanLink Center，JaLC）和欧洲核研究组织（European Organisation for NuclearResearch，CERN）。

这4位新的正式成员将积极地将DOI名称分配给它们国家或领域内的数据集。

现在，DataCite总共有22个正式成员和8个附属成员（来自15个国家，代表美国、欧洲、非洲、亚洲和澳大利亚等地区）。

Ø  英国教育者现可以无限制获取33000个视频资源

[2014-04-16]

来源系统/资源/机构：JISC

URL：http://www.jisc.ac.uk/news/unlimited-access-to-33000-video-resources-now-available-to-uk-educators-16-apr-2014

 亚历山大出版社（AlexanderStreet Press）已与JISC达成协议，使用出版商流行的基于实证的采集模型（evidence-based acquisition，EBA），为英国高等院校提供视频资源。

EBA协议为英国的高等院校无限制地获取亚历山大出版社的整套学术视频资源（超过33000个）提供了机会——协议签订周期为一年。协议周期结束时，大学的工作人员可以使用亚历山大出版社的详细指标来评估用户浏览最多的主题，并选择用户喜欢的主题将其纳入永久收藏。

Ø  PLOS更新费用减免计划

[2014-04-22]

来源系统/资源/机构：OCLC

URL：http://www.plos.org/plos-updates-fee-waiver-program/

PLOS认为资金缺乏不应该成为开放获取出版的障碍。该组织从两个方面实现这一目标。首先，PLOS向单个作者提供全部或部分费用支持。第二，PLOS协助机构向它们的研究人员提供经费支持。

从2003到2013年，PLOS出版了10万多篇研究论文，展示了开放获取作者付费模型的可行性，该模型允许任何人即时阅读、传播和复用所有内容。PLOS开始在第二个十年中成为稳健的开放获取环境中的领先出版商。部分原因在于开放获取资金计划的全球增长，比以往任何时候都多的机构、资助者、基金会和政府机构已经汇聚起来，来承担作者的出版费用。根据开放获取学术出版（Scholarly Open Access Publishing，SOAP）对9645个研究人员-作者（2009- 2011年在开放获取期刊上发表文章）的调查，83%的人从上述机构处获得出版费用的支持，12%的作者自己支付出版费用，5%的作者接受其他形式的援助。针对开放获取出版的机构资助在持续增加。例如，英国研究理事会（ResearchCouncils UK，RCUK）将在2015年提供3700万英镑的资金来支付开放获取出版费用。

2012年，PLOS在给其作者的个人费用支持方面，共计提供了380万美元。为了鼓励作者更加清楚地意识到并充分利用可用的资金来源，也为了确保PLOS的资金支持能够分配给有需要的作者，PLOS已经更新并简化了其费用减免计划。

PLOS出版费用援助计划

在PLOS新命名的出版费用援助计划（Publication Fee Assistance program，PFA）如下：

l  作者的PFA申请通常在手稿提交的10个工作日内完成（之前，作者是在论文录用和开发票的时候，请求费用援助）。

l  PLOS希望作者在申请PFA之前能够充分利用所有的替代资金来源。

l  一个新的、标准PFA申请将包含一些问题，用来引导作者调查可用的资金来源。例如，英国作者将会被要求调查其RCUK资助的资格。

l  作者提供的资金公开信息将会被用作PFA申请审查的一部分。

l  在PLOS网站上提供最新信息，详细介绍PLOS制度计划，并链接至其他的作者可能有资格申请的开放获取资助。

l  和以前一样，有关申请人申请费用援助的信息将不会透露给期刊编辑或审稿人。PLOS的出版决定将会继续完全以编辑标准为基础。

专题追踪——开放科学数据研究与应用的最新进展

前言

数字化为科学家管理个人信息和知识开创了可能，人们对科研数据的开放获取需求越来越强烈。2003年柏林宣言指出，应当实现对科学和人类领域知识的开放获取。宣言扩展了开放获取的领域，不仅仅局限于经过同行评议的文章，还应当包括原始数据和元数据、原材料、数字化表示的图片和图形材料以及多媒体学术材料。

对科研数据开放获取的需求，既有来自个人层面的，也有来自政府层面的，如OECD在2007年的声明《受公共资金资助的科研数据获取原则和指导方针》中指出：“共享和开放获取公共资助的科研数据不仅有助于最大化新的数字化技术和网络的潜在研究，而且能从对科研的公共投资中获得更大的回报”。2012年欧盟出版的《关于获取和保存科研信息的委员会建议》一文中指出：欧盟成员应当确保“源自公共资助研究的科研数据通过数字化的网络基础设施变得公开获取、可用和重用”。

开放科研数据的需求也对研究人员和其处理数据的方式产生了影响。在Royal Society 2012年的报告《科学作为一个开放的产业》中指出：“科学家应当对其收集的数据和创造的模型进行交流，并允许免费和开放获取……科学家应当将其数据存储在数据存储库中以供获取……”。这个建议清楚的指明，在数据共享能够成为科学实践中的标准时，必须创建多样化的基本条件。

但是数据共享的现状并不那么理想，多项调查研究表明，数据分享的比率并不高，还存在着很多障碍。例如，2012年欧盟的一项调查显示，在被提问的1140位人员中，有87%的人员反驳了“欧洲科研数据的获取没有问题”的声明。此外，研究机构、出版商、资助者、不同学科的研究人员对科研数据的开放态度是明显不一致的。当然，也存在着大量的例子，强调科研数据开放交流是能够成功实现的。例如，1996年创建的人类基因组工程，采用“百慕大原则”，实现了人类基因组序列数据在公共领域的开放共享。再如，2011年致病菌株大肠杆菌致使德国4000多人患病，序列数据在遵循CC协议的条件下，通过GitHub平台公布出来，供世界上所有的科学家对大肠杆菌进行调查。这是一个自发共享数据的典型案例。更为成功的例子还有国际科学理事会（InternationalCouncil of Science，ICSU）所主持的世界数据系统（World Data System，WDS）的运行。这个多学科数据网络中心确保“全面、开放、及时、非歧视和不受限制的获取元数据、数据、产品和服务”。

尽管一些机构（如NIH、NSF）制定了许多资助政策和强制性政策，但政策的执行并不是单方面的，它受到许多因素的影响。根据Kuipers和Van der Hoeven（2009）及Tenopir等人（2011）所做的调查表明，科研数据共享的障碍主要有以下几点：

（1）      法律问题

（2）      数据滥用

（3）      不兼容的数据类型

（4）      时间不充分

（5）      资金缺乏

这些障碍表明，需要一个专门的框架来解决这些问题，科研数据管理（Research DataManagement,RDM）框架应运而生，确保存储的数据能以元数据的形式进行描述。近期，图书馆、数据中心和其他的机构正在增加合作，建立信息基础设施支持科研人员管理其数据和改善数据共享（Pampel等人 2010; Osswald 和Strathmann 2012;Reilly 2012）。

数据共享所面临的核心障碍是激励机制（促使科研人员公开其数据）的缺乏。当科研人员认为公开其数据是值得时，数据共享才能成功。在此背景下，越来越多的建立在科学声誉系统基础上的实现数据共享的策略出现。这三种主要的策略如下：

（1）      在科研数据存储库中，科研数据的出版物作为一个独立的信息对象；

（2）      科研数据出版物作为一个文本文档（以所谓的数据文章的形式）；

（3）      科研数据出版物作为一篇文章的扩展，即所谓的“扩充出版物”。

第一种策略的典型为生命科学领域数据存储库（如GenBank）的建立，第二种策略近期得到了越来越多的注意，比如地球系统科学数据（Earth SystemScience Data，ESSD）等数据期刊的创建。DOI的创建促进了数据引用，此外，STD–DOI（Publication andCitation of Scientific Primary Data）和DataCite的创建使出版物和其基础数据的关联成为了可能。文章和数据的关联通过第三种策略也能得到解决。这三种策略的实现需要值得信任的存储库，以使数据可以永久访问。机构、学科、复合学科和具体的项目基础设施存在着差异化，就存储库的访问条件而言，GenBank强调可以无限制利用或传播GenBank的数据，GenBank要求在“CC归属授权”下对数据进行授权，Dryad则规定在CC0协议下获取公共领域的数据。

从近几年的发展来看，大量的机构参与到数据分享中来，并对数据分享的障碍进行探讨。例如，欧盟的数据交换机会（Opportunities forData Exchange，ODE）项目，让各种各样的人员（包括政策制定者、资助者、科研人员、研究和教育组织、数据中心和基础设施服务提供商和出版商）参与到学术交流和数据管理中来，共同思考影响数据分享的因素和克服开放获取障碍的策略，种种策略表明，加强合作是非常重要的。此外，科学信誉系统的改变也是必需的，科学表现的评估应当加上“分享因子”的评价，不仅仅是通过科研团体的引用频率进行判断，还应当评估信息和知识的分享对社会造福的比率。

（注：部分引自《开放科学》中“开放研究数据——从愿景到实践”一文）

最新进展报道

Ø  Dryad和DataONE宣布加强合作

https://www.dataone.org/news/dryad-and-dataone-announce-enhanced-collaboration

Dryad存储库和DataONE宣布，下一阶段他们将在Dryad成员节点的产出方面建立长期合作。Dryad加入到18个DataONE成员节点中来，为通过DataONE探索地球的广度和多样性及环境科学方面的数据做出了贡献。DataONE现在拥有超过147000个数据对象可供研究人员获取。Dryad自加入DataONE以来就一直很活跃，参与了DataONE的网络基础设施设计和实现、团体活动及社会文化和数据共享方面的研究。

Ø  DataONE推出新指南：如何发现科研数据管理服务的需求

https://www.dataone.org/news/new-guide-how-discover-requirements-research-data-management-services

数字管理中心（Digital Curation Centre，DCC）与DataONE联合发布了最新的操作指南系列出版物：“How to DiscoverRequirements for Research Data Management Services”（pdf获取网址：http://www.dcc.ac.uk/sites/default/files/documents/publications/DCC_Howto_Discover_Requirements.pdf）

该指南共分为6部分，第一部分为引言，第二部分总结了数据管理的的角色和责任，以及建立一套需求研究方法论的必要性。第三部分探讨了RDM需求的内容，提出了形成需求的三个关键性方面，分别是：

想法，作品和设施。识别研究人员所认为的“数据”的范畴、形式，以及与其他记录或信息的隐含关系。研究人员如何获取他人的成果，是否使用中心化的设施或标准协议。任何驱动作者在领域中更大范围工作的因素增加使用RDM的需求，但其处理上的技术不确定性也成为RDM的挑战。

研究相关者：产出者、用户和政策制定者。在机构以及跨机构层面开发RDM需要进行相关者分析。

机构制度和研究规范：制定阐明利益和风险的指南。

第四部分概括了RDM发展的关键阶段以及涉及到的活动。如下图：

第5部分提出了识别需求的主要方法和工具，包括：深度案例研究；调查数据实践和最佳服务，如数据资产框架、CARDIO(Collaborative Assessment of Research Data Infrastructure and Objectives，科研数据基础设施和目标的协作评估)数据管理配置、DMVitals（一个数据管理评估推荐工具）；记录数据生命周期；利益相关者的介绍、角色、场景；研讨会活动，如hackdays 和mashups。第6部分提出了下一步计划和未来挑战。

Ø  Figshare支持Taylor & Francis增强内容利用

http://figshare.com/blog/Taylor_Francis_becomes_the_latest_publisher_to_enhance_its_content_with_figshare/116[2014-01-30]

帮助Taylor & Francis实现期刊间的不同类型数据的可视化。Figshare将负责补充数据以及提供一个窗口插件，确保Taylor &Francis的用户能在浏览器中查看文章中的数据与内容。Figshare还提供了一个门户，用户可以根据数据的类型和影响力进行浏览和筛选。

Ø  Figshare与github和Mozilla合作，确保“代码作为科研产出的一部分”

http://figshare.com/blog/Working_with_Github_and_Mozilla_to_enable_Code_as_a_Research_Output_/117 [2014-04-09]

一直以来，负责软件和脚本开发的人员很少能得到应得的引用。他们的名字常常被放在作者列中不起眼的位置，而他们的代码常常不为学术界所发现，极大地降低了这些代码的重用。因此，为提高代码、软件和脚本的学术信用，Figshare推出一项新的功能，通过github提供的webhooks技术，把github内容同步到个人figshare账户，。另外，Figshare也与Mozilla科学实验室进行合作，探讨如何利用开放APIs实现内容在不同仓储之间的方便重用。通过这些举动，Figshare旨在测试一种桥接代码和数据仓储的方法，使其他仓储也可以利用类似的方法来服务所在的研究社区。

Ø  Figshare和IOP Publishing合作

http://figshare.com/blog/figshare_is_now_working_with_IOP/120[2014-03-13]

Figshare和IOP Publishing联合帮助作者分享他们的工作。他们正在致力于一个协作实验，来测试帮助作者更加容易的从IOP的期刊中分享图表和数据。实验的目的是协助作者进一步增加研究的可见性，帮助IOP探索围绕采用现有的云计算技术来解决开放数据问题的方法。

Ø  Figshare与Atypon合作，使出版商更加容易地处理数据和其他研究文件

http://figshare.com/blog/figshare_partners_with_Atypon_making_it_easier_for_publishers_to_deal_with_data_/123[2014-04-28]

Figshare宣布与学术出版商平台Atypon合作，为出版商提供内容可视化和存储服务。此前，figshare已经为PLOS和Nature PublishingGroup提供了这类服务。Literatum14.1上的出版商（最新一代的Atypon旗舰平台上的专业和学术出版商）现在可以将来自figshare的表格、数据集、视频和其他补充材料嵌入到Literatum里的文章页面中。此外，figshare还为出版商提供了他们自己的figshare入口，用户可以根据数据的类型和影响力对补充材料进行浏览和筛选。这些内容也可以简易地通过搜素引擎发现。Taylor& Francis的Figshare入口目前拥有超过1400份补充文档。每一份文档都可以方便地通过DataCiteDOI引用，并在CC协议下存储。

Ø  KE2014年年度计划公布

http://www.knowledge-exchange.info/Default.aspx?ID=62&M=News&PID=147&NewsID=197[2014-04-02]

KE在网上公布其2014年年度计划，未来KE将优先发展可持续的商业模式和科研数据。

KE2014年度报告指出，科研数据现在已经被认为是学术交流层的一个有价值的和重要的元素。KE致力于鼓励和支持研究人员、资助者和服务提供者开发相关的方法以对数据进行长期管理、获取和重用，确保科研数据的潜力能够得到释放。KE会将专家聚集起来，形成一个强大的感兴趣的利益相关者网络，共同研究以下关键问题：科研数据管理的可持续性（如何鼓励研究资助者和其他利益相关者以可持续和有成本效益的方式出版和管理数据）；鼓励共享文化（如何激励研究人员采用出版和管理策略）；科研评估中的科研数据新指标的集成和学术评价流程。

顶尖的报告和研讨会，调查开放科研数据基础设施发展领域的总体重要性，将会对伙伴国家间及之外的个别机构产生影响。这项工作主要集中在政策层面，当然也包括实际的建议。合作或联盟的利益相关者包括Science Europe、欧洲的项目工程（如EUDAT、 OpenAIRE+、SIM4RDM和RDA Europe）和像RDA和CODATA这样的全球倡议。

KE的报告中还提出了一些科研数据付诸实践的方法：

1、 鼓励科研数据分享

KE计划帮助机构、国家和国际层面的决策者采用他们的规定，帮助开发一个适当的、系统的数据共享长期激励系统。

2、 资助科研数据基础设施的建设

KE将会举办研讨会，对有关科研数据存储和重用的成本模型和定价模型进行讨论，进一步比较策略、劳动力和资源分配。KE列出来一个建议清单，对何时、何人来进行资助提供了建议，使个别机构也能够适应他们的方式。

年度计划下载地址：http://www.knowledge-exchange.info/Admin/Public/DWSDownload.aspx?File=%2fFiles%2fFiler%2fdownloads%2fDocuments%2fOfficial+Documents%2fKE+Annual+plan+2014+final+March.pdf

Ø  NIH推出BD2K开放大数据项目

http://bd2k.nih.gov/index.html#sthash.HcXOdf0N.dpbs

大数据环境下，生物医学研究企业面临着转型，科研人员在定位、分析、利用大数据时经常受到获取相关软件和工具、专业知识等因素的影响。在NIH的支持下，设立了BD2K（Big Data toKnowledge）项目，旨在开发新的途径、标准、方法、工具和技能，通过支撑科学数据等其他相关领域的研究、实践和培训来增强生物医学大数据的使用。

涉及的主要领域有：

（1）保证数据的利用率

分享政策；科研数据目录；基于社区的数据和元数据标准。

（2）分析方法和软件

硬件、软件的开发；大规模计算；用户和开发者的动态化社区参与。

（3）加强培训

增加擅于计算和定量技术的生物医学实习生；增强科研人员的计算机能力和定量分析能力；NIH员工培训。

（4）人才中心

研究者发起中心。

NIH专家中心。

Ø  CKAN和DataTank集成

http://ckan.org/2013/12/18/ckan-meets-the-datatank/[2013-12-18]

2013年12月18日，OKF在比利时宣布了CKAN的扩展计划，将DataTank的功能集成到CKAN中，将CKAN存储所有种类数据的元数据的强大数据注册功能与DataTank的搜索功能和集成数据存储连接起来。

DataTank是针对机器可读数据的数据适配器。它适用于任何形式的数据，从CSV文件到SPARQL端点，并创建一个HTTP接口。此接口是一个REST API，允许以不同的格式读取数据、标记数据和查询数据。当你向CKAN添加一项JSON或XML资源时，会自动的添加到DataTank实例中，可以立即被app开发者所使用。DataTank还可以使用DCAT导出元数据。

Ø  Serendipity 语义搜索

http://serendipity.utpl.edu.ec/

Serendipity是一个基于语义web技术的分面搜索引擎。Serendipity POIs（Points ofInterest）基于关联数据技术，允许用户对数据集中的OCW(Open Course Ware)资源进行可视化。Serendipity是由来自UniversidadPolitécnica de Madrid (GICAC-UPM)的GICAC研究队伍和UniversidadTécnica Particular de Loja (UTPL)联合OCW机构共同进行资助的。主要目的是帮助学生、教师和自学者发现开放教育资源（OER）和开放课程资源。

Ø  re3data.org、Databib和DataCite宣布合作

http://www.re3data.org/2014/03/datacite-re3data-org-databib-collaboration/[2014-03-25]

re3data.org和Databib是帮助人们识别和查找科研数据的在线信息库。2014年3月25日，Databib和re3data.org宣布，计划将他们的两个项目合并到一个服务中，这项服务将在DataCite的赞助下进行管理，持续到2015年底。在第三届研究数据联盟全体会议召开之前，他们的联合提议在25日DataCite联合大会上得到批准。

此次合作的目的是减少重复工作，更好的为研究团体提供一个单一的、可持续的科研数据存储库的注册中心，并整合了两个项目的最佳特征。

re3data.org和databib同意遵循以下五项原则：

1)       开放性：联合注册表的元数据和接口将被公开访问。元数据的访问将会遵循CC0协议；

2)       最优的质量保证：两级工作流程，首先由国际编委会进行提交审查，再进行第二次的一致性确认，保证记录的质量和流通；

3)       发展创新性功能：合作开发联合注册中心的新功能，进一步与全球生态系统基础设施进行整合，满足数据驱动的研究和开放科学的需要；

4)       共同领导：联合注册中心将由分别来自两个项目的两位代表进行领导，双方地位平等；

5)       可持续性：两个项目将在联合注册中心的可持续管理结构和稳定的基础设施下共同工作。

Ø  Datacite发布2013-2016战略

http://www.datacite.org/strategy2013-2016[2014-03-03]

2014年3月3日，Datacite发布2013-2016战略，主要宗旨包括：

l  为研究人员共享和获得其产生的数据集提供方法途径；

l  确保更容易的获得科研数据；

l  支撑新的服务的发展；

l  促进不与特定出版物相关联的数据的获取；

l  增加科研数据对学术记录来说是合法的、可引用的贡献的接受；

l  支持数据存储，允许数据结果为未来研究所验证和再利用。

从2013年到2016年，Datacite将会关注于以下5个关键目标：

l  成为一个可持续的和值得信赖的组织；

l  成为全球科研基础设施的一部分；

l  培养会员和建立有力的团体；

l  创建和维护服务、方针、政策；

l  提供清晰的交流。

Ø  DMPTool和DMPonline调整和改版

http://www.dcc.ac.uk/blog/dmptool-and-dmponline-workshop[2004-02-25]

在2014年2月24日召开的IDCC研讨会上，与会人员集中精力完成DMPTool（Data ManagementPlans）和DMPonline的联合事务。在IMLS和Alfred Sloan基金会的支持下，DMPTool在过去的一年里进行了许多再开发，具有了一些新的特征：机构品牌化、共享计划的能力、DMP的审查功能（检查/批准内容）、允许机构添加自己的问题和模板而不仅仅是指南。一种新的管理界面被开发出来，允许机构管理其自定义功能，减轻Perry &Sherry的负载。管理界面将很快进行测试，完整版本将在春末公布。

工作组在2013年冬季对DMPonline的功能进行了评估。根据评估结果，保留了众多特征，如共享计划和添加机构模板和指南的功能。另外，对数据模型进行了重大调整，使管理计划变得更短和更贴近用户。工作组提供了DMPonlined变化和未来计划和新功能要求的演示，演示地址为：http://www.screenr.com/PJHN。

Ø  CODE基于科研数据知识提取过程的大数据处理流程

近年来，语义网得到了快速发展，其主要目的就是提供由本体描述内容的开放获取、机器可读和语义描述。关联数据成为事实上的出版和连接网络中分布式数据的标准。但关联数据云由于服务的不可靠性和缺乏对获取的数据的质量评估，主要局限于学术目的。CODE项目的建立就是为了改善这种情况，为关联科学云建立一个基于网络的、商业化的生态系统。此生态系统提供了一个价值创造链，以增加各节点（如数据供应商、分析师）间的交流。

按照科研数据的知识提取过程，CODE提出了大数据处理流程，如下图所示。具体内容详见http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-53974-9_10。

我们的NEWS

Ø  能源行业开放社会经济揭示与服务系统完成改版升级

 能源行业开放社会经济揭示与服务系统（以下简称OSE系统）自去年11月开始试运行后，得到了一线科研人员的普遍欢迎和认可，他们也针对网站的风格、内容提出了很好的建议。项目组针对用户的反馈意见进行了详细的梳理，分别在内容完善方面和系统的改版方面开展了相关工作。内容建设方面：网站主页新增了新闻图片模块，生产技术板块中新增了项目合作和专利导航检索，公司机构也补充了1000多条记录，其他模块如新闻资讯、政策法规、行业报告、分析评论实现了最新内容的及时更新。新增了资源量的访问统计、数据的导出等服务功能。网站改版方面：邀请了专业的美工人员对网站的页面风格进行了全新的策划、设计。在版面设计上通过部分图片的嵌入，字体颜色、大小、格式和导航框、小图标的灵活运用，使改版后的网站简洁明了，较以前结构显得更加清晰，内容更加丰富。

为了更进一步加强对改版网站的宣传推广，项目组针对改版后的网站制作了相应的宣传海报、传单页和用户使用手册，并且利用在成都召开第五届中国科学院电子资源培训会议机会，对学科馆员、所图人员和参加数据库商、代理商代表进行了广泛宣传推广，得到了很好的反馈效果，很多所图老师对项目组所做的工作给予了很高的评价，并且愿意将此系统介绍给本所相关科研人员和研究生进行使用。