小柯机器人

美国威斯康辛大学Lloyd M. Smith研究团队开发的O-Pair Search方法可实现对O-糖肽进行表征。这一研究成果于2020年10月26日发表在国际学术期刊《自然-方法学》上。

研究人员研发了O-Pair Search，这是一种鉴别O-糖肽和O-糖苷位置的方法。使用成对电子碰撞和基于电子的解离光谱，O-Pair Search通过离子索引开放修饰来识别O-糖肽，并使用图论和基于概率定位的方法对O-糖苷进行定位。与当前已有的O-糖肽处理软件相比，O-Pair Search所需的搜索时间减少了2000倍以上，同时增加了O-糖苷定位的置信度并鉴定了更多的O-糖肽。

除了已讨论的粘蛋白O-糖肽外，O-Pair Search还可用于用户定义的聚糖数据库，从而使其与许多类型的O-糖基化兼容。O-Pair Search可在开源MetaMorpheus平台上免费获得，网址为https://github.com/smith-chem-wisc/MetaMorpheus。

附：英文原文

Title: O-Pair Search with MetaMorpheus for O-glycopeptide characterization

Author: Lei Lu, Nicholas M. Riley, Michael R. Shortreed, Carolyn R. Bertozzi, Lloyd M. Smith

Issue&Volume: 2020-10-26

Abstract: We report O-Pair Search, an approach to identify O-glycopeptides and localize O-glycosites. Using paired collision- and electron-based dissociation spectra, O-Pair Search identifies O-glycopeptides via an ion-indexed open modification search and localizes O-glycosites using graph theory and probability-based localization. O-Pair Search reduces search times more than 2,000-fold compared to current O-glycopeptide processing software, while defining O-glycosite localization confidence levels and generating more O-glycopeptide identifications. Beyond the mucin-type O-glycopeptides discussed here, O-Pair Search also accepts user-defined glycan databases, making it compatible with many types of O-glycosylation. 

DOI: 10.1038/s41592-020-00985-5

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-020-00985-5

Nature Methods：《自然—方法学》，创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：47.99
官方网址：https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接：https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex