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美国北卡罗莱纳大学Kevin M. Weeks研究小组的最新研究提出了RNP-MaP，用于分析活细胞中RNA-蛋白质相互作用网络。 相关论文发表在2020年10月19日出版的《自然—生物技术》杂志上。

研究人员设计了核糖核蛋白网络分析突变剖析(RNP-MaP)，是一种活细胞化学探测策略，用于映射核苷酸分辨率下多个蛋白质结合到单个核苷酸的合作互动。RNP-MaP使用异双功能交联剂，可将相互作用的蛋白质冻结在RNA上的原位置，然后通过通读反转录和DNA测序将多个结合的蛋白质定位在单个RNA链上。

RNP-MaP揭示，核糖核酸酶P和RMRP，作为序列不同但结构相关联的两种非编码RNA，共享RNP网络且该网络中心定义这些RNA的功能位点。RNP-MaP还确定了在老鼠和人类XIST长非编码RNA之间保守的蛋白质相互作用网络，并定义了其结合位点在XIST功能区域共定位并形成网络的蛋白质群落。RNP-MaP实现了发现和有效验证活细胞中长RNA和功能蛋白质相互作用网络。

据悉，RNA蛋白质相互作用网络管理许多生物过程，但很难全面检测。

附：英文原文

Title: Analysis of RNA–protein networks with RNP-MaP defines functional hubs on RNA

Author: Chase A. Weidmann, Anthony M. Mustoe, Parth B. Jariwala, J. Mauro Calabrese, Kevin M. Weeks

Issue&Volume: 2020-10-19

Abstract: RNA–protein interaction networks govern many biological processes but are difficult to examine comprehensively. We devised ribonucleoprotein networks analyzed by mutational profiling (RNP-MaP), a live-cell chemical probing strategy that maps cooperative interactions among multiple proteins bound to single RNA molecules at nucleotide resolution. RNP-MaP uses a hetero-bifunctional crosslinker to freeze interacting proteins in place on RNA and then maps multiple bound proteins on single RNA strands by read-through reverse transcription and DNA sequencing. RNP-MaP revealed that RNase P and RMRP, two sequence-divergent but structurally related non-coding RNAs, share RNP networks and that network hubs define functional sites in these RNAs. RNP-MaP also identified protein interaction networks conserved between mouse and human XIST long non-coding RNAs and defined protein communities whose binding sites colocalize and form networks in functional regions of XIST. RNP-MaP enables discovery and efficient validation of functional protein interaction networks on long RNAs in living cells.

DOI: 10.1038/s41587-020-0709-7

Source: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0709-7

Nature Biotechnology：《自然—生物技术》，创刊于1996年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：68.164
官方网址：https://www.nature.com/nbt/
投稿链接：https://mts-nbt.nature.com/cgi-bin/main.plex