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生物标记技术实现高复用的单细胞RNA-seq
2019-12-24 14:40

美国加州理工学院Lior Pachter课题组开发了一种利用DNA寡核苷酸标记细胞蛋白技术,实现高度复用单细胞RNA-seq。这一研究成果2019年12月23日在线发表在国际学术期刊《自然—生物技术》上。

研究描述了一种用于单细胞RNA测序的广泛样品多路复用方法,其中通过将鉴定DNA寡核苷酸附着到细胞蛋白上来化学标记固定的细胞。对96重扰动实验的分析揭示了无法从批量测定中识别出的细胞群体结构和转录状态的变化,从而建立了一种有效的方法,该方法能够以单细胞RNA测序的深度和分辨率对大型实验或临床样品中的细胞群体进行研究。

附:英文原文

Title: Highly multiplexed single-cell RNA-seq by DNA oligonucleotide tagging of cellular proteins

Author: Jase Gehring, Jong Hwee Park, Sisi Chen, Matthew Thomson, Lior Pachter

Issue&Volume: 2019-12-23

Abstract: We describe a universal sample multiplexing method for single-cell RNA sequencing in which fixed cells are chemically labeled by attaching identifying DNA oligonucleotides to cellular proteins. Analysis of a 96-plex perturbation experiment revealed changes in cell population structure and transcriptional states that cannot be discerned from bulk measurements, establishing an efficient method for surveying cell populations from large experiments or clinical samples with the depth and resolution of single-cell RNA sequencing.

DOI: 10.1038/s41587-019-0372-z

Source: https://www.nature.com/articles/s41587-019-0372-z

Nature Biotechnology:《自然—生物技术》,创刊于1996年。隶属于施普林格·自然出版集团,最新IF:68.164
官方网址:https://www.nature.com/nbt/
投稿链接:https://mts-nbt.nature.com/cgi-bin/main.plex


本期文章:《自然—生物技术》:Online/在线发表

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