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中国科学家研发新的全基因组组装算法
2019-12-10 15:34

中国农业科学院农业基因组研究所阮珏博士与美国哈佛大学医学院李恒博士研发出一个名为wtdbg2的算法,可实现对长读片段的快速、准确组装。2019年12月9日《自然—方法学》在线发表了这项成果。

现有的长读片段组装软件需要数千个中央处理单元小时才能组装人类基因组,并且在吞吐量和成本方面都超过了测序技术。研究人员开发了长读组装程序wtdbg2(https://github.com/ruanjue/wtdbg2),其速度是已发布工具的2-17倍,同时实现了相当的连续性和准确性。这为将来的人口规模的长读组装铺平了道路。

附:英文原文

Title: Fast and accurate long-read assembly with wtdbg2

Author: Jue Ruan, Heng Li

Issue&Volume: 2019-12-09

Abstract: Existing long-read assemblers require thousands of central processing unit hours to assemble a human genome and are being outpaced by sequencing technologies in terms of both throughput and cost. We developed a long-read assembler wtdbg2 (https://github.com/ruanjue/wtdbg2) that is 2–17 times as fast as published tools while achieving comparable contiguity and accuracy. It paves the way for population-scale long-read assembly in future.

DOI: 10.1038/s41592-019-0669-3

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-019-0669-3

Nature Methods:《自然—方法学》,创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团,最新IF:28.467
官方网址:https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接:https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex


本期文章:《自然—方法学》:Online/在线发表

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