麻省理工学院和哈佛大学的布罗德研究所E. J. Alm和R. J. Xavier课题组合作，建立了与纵向多组学数据相结合的人类肠道细菌分离群数据库。这一数据库的建立加快了机制微生物组研究。相关成果2019年9月2日在线发表在国际学术期刊《自然—医学》上。
研究人员提出了开放微生物组库（BIO-ML）的概念，这是一个包括7,758个肠道细菌分离群的一个综合的数据库，并配有3,632个基因组序列和纵向多组学数据。研究表明，微生物物种在人类内部和人类之间维持稳定的种群规模，并且使用平均数超过几天的样品会使常用的“组学”调查方法更可靠。人体内肠道代谢物随时间的变化与氨基酸水平有关，个体间差异与胆汁酸的差异有关。最后，结果表明基因组多样化可用于推断个体内菌株的生态进化动力学和体内菌株选择压力。BIO-ML是一种独特的资源，旨在实现对假设驱动的微生物组的研究。
据了解，他们对于肠道微生物群如何与其人类宿主相互作用的理解受限于对纵向数据集的有限访问，因此不能正常检查其稳定性和动态性，也受限于有限的用来检测机制假设的微生物分离群。
附：英文原文
Title: A library of human gut bacterial isolates paired with longitudinal multiomics data enables mechanistic microbiome research
Author: M. Poyet, M. Groussin, S. M. Gibbons, J. Avila-Pacheco, X. Jiang, S. M. Kearney, A. R. Perrotta, B. Berdy, S. Zhao, T. D. Lieberman, P. K. Swanson, M. Smith, S. Roesemann, J. E. Alexander, S. A. Rich, J. Livny, H. Vlamakis, C. Clish, K. Bullock, A. Deik, J. Scott, K. A. Pierce, R. J. Xavier, E. J. Alm
Issue&Volume: 2019-09-02
Abstract: Our understanding of how the gut microbiome interacts with its human host has been restrained by limited access to longitudinal datasets to examine stability and dynamics, and by having only a few isolates to test mechanistic hypotheses. Here, we present the Broad Institute-OpenBiome Microbiome Library (BIO-ML), a comprehensive collection of 7,758 gut bacterial isolates paired with 3,632 genome sequences and longitudinal multi-omics data. We show that microbial species maintain stable population sizes within and across humans and that commonly used omics survey methods are more reliable when using averages over multiple days of sampling. Variation of gut metabolites within people over time is associated with amino acid levels, and differences across people are associated with differences in bile acids. Finally, we show that genomic diversification can be used to infer eco-evolutionary dynamics and in vivo selection pressures for strains within individuals. The BIO-ML is a unique resource designed to enable hypothesis-driven microbiome research.
DOI: 10.1038/s41591-019-0559-3
Source:https://www.nature.com/articles/s41591-019-0559-3
Nature Medicine：《自然—医学》，创刊于1995年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：87.241
官方网址：https://www.nature.com/nm/
投稿链接：https://mts-nmed.nature.com/cgi-bin/main.plex
本期文章：《自然—医学》：Online/在线发表
