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2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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sybyl中小分子的能量优化
2013-11-13 09:41
背景:chemdraw画的2d分子(带有手型信息),通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展(原子和原子的距离太近),再配体准备之前,可以先优化下。 minimize_energy.spl 方法:在linux系统下使用sybyl mol2的分子放在一个新建的文件夹如rawmol2 把附件中的spl文件也存放到rawmol2文件夹中 然后再这个rawmol2文件夹下再新 ...
个人分类: DrugDesign|5879 次阅读|没有评论
借助chemdraw批量把cdx转成3dmol2格式
2013-11-8 21:00
chem3d.pl 背景: http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=950202do=blogid=739794 由于openbabel不能把2d的sdf转成3d的SDF,同时保持构型 由于chemdraw,chem3d又属于商业软件,貌似没有提供API, 如果您知道chemdraw的API,请与我联系 744891290@qq.com 可能corina也能转3d且保持构型,由 ...
个人分类: DrugDesign|7563 次阅读|没有评论
maestro中小分子手性识别的问题
2013-11-7 13:19
背景:在小分子质子化准备的过程中,我们希望保持小分子的自身的RS构型。 在chemdraw中的小分子,我们可以保存为2D的sdf,并在2D的sdf信息中记录构型的信息。 但是maestro是不能识别2D中的RS构型的。 • Maestro 中的 glide 不能保持 2D 的手性 • 80 多个天然产物结构经过 maestro ...
个人分类: DrugDesign|4387 次阅读|1 个评论
perl的LWP 和linux 的crontab每天自动到小木虫上取金币
2013-11-7 09:22
背景:论坛为了吸引人气,会推出虚拟金币活动,每天登陆可以领取金币,而金币又可以用来获得一些资料。 所以我就写了一个自动领取金币的小机器人。 方法介绍: 我不知道目前的浏览器是否可以调用里面的函数, 所以我自己创建了一个虚拟浏览器,这个浏览器必须自带cookie的功能 然后构建了一个请求,这个请求 ...
个人分类: 奇技淫巧|3349 次阅读|没有评论
化合物在国内可否买到的
2013-10-30 19:58
背景: 所筛选的小分子库不是商业库,筛完药以后,我们会得到打分比较靠前的化合物,这时候我们需要想办法购买。 chemical book上面有供应商的信息,是根据cas号查询的。 利用chemical book网站,化合物的cas号以及perl,告诉你那些化合物是买的到的。 脚本puravailable.pl puravailable.pl : ================= ...
个人分类: DrugDesign|2565 次阅读|没有评论
vina怎么高通量筛选(参数,速度,精度)
2013-10-26 09:54
savedirs.sh 附件: savedirs.sh 脚本功能:把文件夹下的文件保存到各个文件夹下 比如我的文件夹有30w个分子,我想每1w个分子放到1个文件夹下,就可以借助它来实现。 背景: 如果对接1w个分子,你不关注cpu以及exhaustiveness的设置,多进程的原理,你可以在一周内完成对接任务。 而如果你要对 ...
个人分类: DrugDesign|3340 次阅读|没有评论
shell脚本的运行过程
2013-10-26 09:22
shell脚本运行的时候, 是先把脚本读入到内存中,然后再运行指令。 比如你有个脚本 在./temp/move.sh 你想把temp下所有的文件都移动到外面 它会把所有所有的文件包含move.sh都移动到外面,此时的move.sh仅仅是一个普通文件, 执行文件是在内存中。 路径是相对内存中文件的位置的
个人分类: shell|2130 次阅读|没有评论
autodock的受体的pdbqt格式
2013-10-25 20:01
1pdbqt格式中包含的仅仅是坐标信息,电荷信息,以及autodock的原子类型的信息 没有连通信息, 也就是说没有键的信息 原子类型暗含了键的信息 如果两个原子的距离大于共价键的距离,在adt,或者pymol就会出现断开的现象 只有保证原子类型正确就可以对接 2autodock的受体原子类型, The pdbqt format is 'pdb&# ...
个人分类: DrugDesign|7378 次阅读|没有评论
批量统计配体和受体氢键的信息
2013-10-11 09:41
背景: 在虚拟筛选完以后,我们需要分析配体和受体的相互作用情况 在这些相互作用中,氢键的相互作用又显得尤为重要 记录配体的每个构象和受体的氢键情况 那个氨基酸残基上的那个原子和配体中那个原子形成氢键,距离是多少 目前没有统计角度,因为我好像在哪里看到过对接过程中H原子是动态的 方法: ...
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pdb文件的分割脚本splitpdbs.pl
2013-10-10 17:03
splitpdbs.pl 背景: vina结果构想文件是多个pdbqt,之前把它转成pdb格式的时候没有进行分隔, 而之前的统计氢键信息的脚本不能处理 多状态的pdb文件 所以写了一个分割pdb脚本 ============================================================== #!/usr/bin/perl -w use strict; #author: chen zhaoqiang #usage: ...
个人分类: DrugDesign|2674 次阅读|没有评论

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