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2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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multiwfn 进行AIM分析

2014-9-10 23:20

背景： 在别人研究卤键的文章中，看到别人进行了AIM分析。 建立关键点。分析关键点的电子密度能量的情况。 前人的研究可以发现从这些参数中可以判断出键的类型，静电为主，还是共价为主。 也可以反应键的强弱。 这里的具体使用规则，以后再详细补充，这里先讲下怎么产生这些参数。 ############################# ...

个人分类: DrugDesign|10287 次阅读|没有评论

multiwfn结合pymol绘制卤素sigma-hole区域

2014-9-3 13:11

背景： 研究卤键肯定要绘制sigma-hole区域，multiwfn是分析表面静电势的好工具。其开发者sob熟悉VMD， 不熟悉PYMOL，所以她的博客中是Multiwfn 和VMD的联用。 精通一个软件的成本还是挺大的，尤其是熟练pymol的情况下，让我操作vmd，总是不愿意。 于是我试了下pymol，发现pymol也是可以绘制sigma-hole区域的。 知道so ...

个人分类: 图|6968 次阅读|没有评论

怎么分析计算分子静电势表面---σ-hole

2014-9-1 11:04

背景：σ-hole存在于卤素原子X的头部，R-X，x本身带负电，但是其头部由于电子的缺少，会有一个正电荷区域。 描述σ-hole包括Vmax，d以及ω，φ。 首先 setp1 通过gauss优化分子结构，计算频率。（要不要再关键词中指定电荷？？？） 得到chk文件。formchk xxx.chk,得到fchk文件 step2 利用multiwfn软件， ...

个人分类: DrugDesign|13311 次阅读|没有评论

两台电脑一个网络端口

2014-8-12 09:25

一根网线一根反转线 3个网卡 一台电脑中有两个网卡，一台电脑中有1个网卡。 2个网卡的那台电脑通过，首先通过网线连接端口，可以上网。 然后用反转线连接这2台电脑。 设置反转线连接的两个网卡的ip 192.168.133.1 255.255.255.0 192.168.133.1 另一个网卡的ip 修改iptabels sudo vi /etc/sysconfig ...

个人分类: 系统|2404 次阅读|没有评论

maestro 表格的合并问题

2014-7-23 16:06

由于有些版本不能并行，所以对接的时候 选择前1-5w个化合物对接 再选择前5w-10w的化合物对接 建议大家产生一个总的group。 如果忘记产生，以后分析的时候可以通过ungroup, move to group 进行合并。

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pipeline 把分子的结构保存到excel中

2014-7-22 19:14

电脑里所装excel必须为07,或者03版本，否则得到的excel 传到别人的电脑里看不到图片。

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删除文本末尾的空行

2014-5-28 10:23

对于小文本，直接在vim中处理就可以。 删除空行 :g/^$/d 删除空行以及只有空格的行 :g/^\s*$/d 判断是否为非空行 而不是判断是否为空行 ######input start ############### open FH,sander_energies.tab; my @mmenergies=FH; chomp(@mmenergies); my $end; while(1) { ...

个人分类: 奇技淫巧|5503 次阅读|没有评论

绘制最简单的基因组图

热度 1 2014-4-30 16:41

应同学要求帮忙绘制 一个简单的基因组图(在圆圈中标上基因的其实位置) 刚开始上网查了下，有个软件叫circos非常厉害，perl写的，好呆也用perl3年多了，应该没问题。 但折腾了好长时间，发现karotype文件太复杂，而且自身携带的API 不是基础API。 于是我想用R完成这个基因组图，在R中找到了Rcircos还是用不了。 我了解 ...

个人分类: 图|3550 次阅读|2 个评论 热度 1

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热度 1 2014-4-30 11:50

#!/usr/bin/perl -w #use strict; #多基因的遗传算法 use AI::Genetic; # benz_furan_MMTORSION open FH,benz_furan_mmenergyGA.tab or die can't find the file; my @qmenergies=FH; chomp(@qmenergies); map($_=~s/^\d+\s+//,@qmenergies); # #map($_*=627.5 ...

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