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2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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pipeline的使用案例

2014-11-10 17:03

应用1： 用了两个模型进行筛选，取交集进行送样 取两个化合物库中的公共化合物 应用2 虚拟筛选后购买化合物前，选择的化合物确保结构多样性， 聚类分析，比如你打算购买100个化合物，你可以从500/1000个化合物中聚成100类， 然后你从1类中挑选1个化合物。 也可以聚成50类，每一类挑选2个化合物 3 计算化合 ...

个人分类: Pipeline|2654 次阅读|没有评论

pipeline无法正常启动的原因

2014-11-10 16:46

Pipeline Pilot failed to connect to the server please check the location is valid and the server is running 解决办法 开启服务scitegic_apache

个人分类: 系统|5732 次阅读|没有评论

pymol opengl cgo盒子的画法

热度 1 2014-11-10 10:56

首先需要理解这个关键词TRIANGLE_STRIP, http://blog.csdn.net/xiajun07061225/article/details/7455283 http://game.ceeger.com/Script/GL/GL.TRIANGLE_STRIP.html 通过4个点来定义三角形带，来创建4个点的平面。 4个点的顺序是BACD,这样就能定义出上面的3角型条带。 ###################### ...

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pymol opengl cgo---面的画法

2014-11-9 21:48

画面的必须元素 3个点确定一个面 无需光照，不需要定义向量 需要输入元素 3个点的坐标 关键词BEGIN END TRIANGLES 可选元素 颜色 透明度等 光照 ############################### obj = cmd.load_cgo(obj,'triangle')

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pymol的opengl CGO--线段的画法

2014-11-8 20:27

############### 需要的必须输入元素包括 1起点坐标 2终点坐标 可选元素 颜色 线段的宽度 关键词 BIGIN LINE END line.py ######################################## from pymol.cgo import * from pymol import cmd line = cmd.load_cgo(line,'linered', 1) ...

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Pymol函数cmd.load_cgo中的第3个参数的说明

2014-11-8 18:41

http://www.liv.ac.uk/~afcalder/apt3.html ############ cmd.load_cgo(obj,'segment', 1) Additional states can be appended quite simply like this. Note how thewireframe 'box' is recalled without having to restate the same vertexcoordinates and that the object name 'at ...

个人分类: DrugDesign|3195 次阅读|没有评论

pymol的opengl CGO球体的画法

2014-11-8 16:39

pymol怎么画球 需要的输入元素包括 必备元素 1球的中心点的坐标 2球的半斤 可选元素 1透明度ALPHA,0-1 2颜色rgb 脚本 sphere.py ################ from pymol.cgo import * from pymol import cmd spherelist = cmd.load_cgo(spherelist, 'A_easy') spherelist = cm ...

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pymol的opengl CGO圆柱体的画法

2014-11-7 22:17

# Cylinder specification: set this to 9.0 or if you did from pymol.cgo import * you can then use CYLINDER, here. #怎么设置透明度 #a1, a2 #a1=25.0或者用ALPHA # a1=25 means 'ALPHA' (if you do from pymol.cgo import * you can then use CGO ...

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软件正常安装运行的时候出现segmentation fault的解决方案

2014-11-6 19:09

背景 在有些机器上可以正常安装autodock，然后正常运行 有些机器可以正常安装，但是不能正常运行， 运行的时候报这个错segmentation fault 解决办法 在Linux下写程序的时候，如果程序比较大，经常会遇到“段错误”（segmentation fault）这样的问题，这主要就是由于Linux系统初始的堆栈大小（stack size）太小的缘故 ...

个人分类: DrugDesign|5698 次阅读|没有评论

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