置顶 · 个人新博客

2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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化合物在国内可否买到的

陈照强 2013-10-30 19:58

背景： 所筛选的小分子库不是商业库，筛完药以后，我们会得到打分比较靠前的化合物，这时候我们需要想办法购买。 chemical book上面有供应商的信息，是根据cas号查询的。 利用chemical book网站，化合物的cas号以及perl，告诉你那些化合物是买的到的。 脚本puravailable.pl puravailable.pl ： ================= ...

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vina怎么高通量筛选（参数，速度，精度）

陈照强 2013-10-26 09:54

savedirs.sh 附件： savedirs.sh 脚本功能：把文件夹下的文件保存到各个文件夹下 比如我的文件夹有30w个分子，我想每1w个分子放到1个文件夹下，就可以借助它来实现。 背景： 如果对接1w个分子，你不关注cpu以及exhaustiveness的设置，多进程的原理，你可以在一周内完成对接任务。 而如果你要对 ...

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shell脚本的运行过程

陈照强 2013-10-26 09:22

shell脚本运行的时候， 是先把脚本读入到内存中，然后再运行指令。 比如你有个脚本 在./temp/move.sh 你想把temp下所有的文件都移动到外面 它会把所有所有的文件包含move.sh都移动到外面，此时的move.sh仅仅是一个普通文件， 执行文件是在内存中。 路径是相对内存中文件的位置的

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autodock的受体的pdbqt格式

陈照强 2013-10-25 20:01

1pdbqt格式中包含的仅仅是坐标信息，电荷信息，以及autodock的原子类型的信息 没有连通信息， 也就是说没有键的信息 原子类型暗含了键的信息 如果两个原子的距离大于共价键的距离，在adt，或者pymol就会出现断开的现象 只有保证原子类型正确就可以对接 2autodock的受体原子类型， The pdbqt format is 'pdb&# ...

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批量统计配体和受体氢键的信息

陈照强 2013-10-11 09:41

背景： 在虚拟筛选完以后，我们需要分析配体和受体的相互作用情况 在这些相互作用中，氢键的相互作用又显得尤为重要 记录配体的每个构象和受体的氢键情况 那个氨基酸残基上的那个原子和配体中那个原子形成氢键，距离是多少 目前没有统计角度，因为我好像在哪里看到过对接过程中H原子是动态的 方法： ...

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pdb文件的分割脚本splitpdbs.pl

陈照强 2013-10-10 17:03

splitpdbs.pl 背景： vina结果构想文件是多个pdbqt，之前把它转成pdb格式的时候没有进行分隔， 而之前的统计氢键信息的脚本不能处理 多状态的pdb文件 所以写了一个分割pdb脚本 ============================================================== #!/usr/bin/perl -w use strict; #author: chen zhaoqiang #usage: ...

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vina中的构象保存为pdb格式

陈照强 2013-10-9 22:00

背景： 之前有讲过可以通过pymol统计氢键的信息， 由于pymol对pdbqt的支持不好 ADT中的脚本pdbqt_to_pdb.py 只能实现pdbqts_to_pdb的功能 所以我写了个shell脚本，实现pdbqts_to_pdbs功能，用这个脚本前必须配置一些环境变量。 ======================================pdbqts_to_pdbs.sh #!/bin/sh #Function : convert t ...

个人分类: DrugDesign|5890 次阅读|没有评论

在linux随时随地使用MGL当中的脚本

陈照强 2013-9-27 16:52

首先把pythonsh添加到环境变量中， 在.bashrc中加入 PATH=$PATH:/home/dddc/mg/bin 把脚本添加到环境变量中， PATH=$PATH:/home/dddc/mgl/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24 最后就是要用到的脚本的 第一句话改成 #！/usr/bin/env pythonsh

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借助pymol指定氢键规则自动过滤化合物

热度 1 陈照强 2013-9-27 15:38

背景：药物虚拟筛选之后，根据构象挑选化合物。 比如晶体结构表明，抑制剂一定会和那几个氨基酸残基发生氢键作用。 我们就可以把这个作为筛选的规则。 借助于脚本可以节省时间，缩小工作量。 说明： 这里提供的是单个大分子和配体的处理， 如果有需要的话，我后面会给出批量处理的脚本。或者自己写个循环。 ...

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