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2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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统计配体周围氨基酸的情况

陈照强 2013-12-28 14:16

这个脚本需要在pymol中使用 #################### from pymol import cmd from pymol import stored #function:count the number of residue around 3,4, 5,A #to improve the accurancy of count,you should make sure the pdb just contain one drug result= #print selectline #cmd.do(remove all !chain a ...

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批量下载pdb

陈照强 2013-12-28 12:00

不要使用linux的wget命令， 不要使用迅雷的新建url任务来下载，pdb.org 防止下载机器人 建议使用pymol的fetch来下载 http://www.pymolwiki.org/index.php/Fetch fetch下载下来的文件都是小写的字母命名的， 如果要改成大写的，利用linux的tr和mv命令以及rename 命令 for i in $(ls);do newname=$(echo $i|tr ' ...

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如何下载cas已经知道的化合物的结构

陈照强 2013-12-18 16:11

之前写过一个脚本，通过pubchem来下载分子sdf文件， 由于有些分子pubchem没有收录进去， 下载不到。 我又想到了另一种方法： 首先通过cas号，得到化合物的IUPAC命名 然后借助于chemdraw的一个模块讲化学名转成结构 structure---convert Name to structurel; 当然这里所有的都是可以批量进行的。 一方面 ...

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中药化合物库的下载

陈照强 2013-11-14 21:37

files.txt 背景：中药有效果是有目共睹的，中药中的化合物是繁多的，已经提示了我们可以多靶标治疗。 从中药中寻找活性化合物，是新药发现的一种手段。 tcmsp网站， http://tcmspnw.com/login_clearSession 作为一个开源网站，可以提供化合物的单个下载。 据说今后也会提供下载包，批量下载的。 现在我和以及以前 ...

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sybyl中小分子的能量优化

陈照强 2013-11-13 09:41

背景：chemdraw画的2d分子（带有手型信息），通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展（原子和原子的距离太近），再配体准备之前，可以先优化下。 minimize_energy.spl 方法：在linux系统下使用sybyl mol2的分子放在一个新建的文件夹如rawmol2 把附件中的spl文件也存放到rawmol2文件夹中 然后再这个rawmol2文件夹下再新 ...

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借助chemdraw批量把cdx转成3dmol2格式

陈照强 2013-11-8 21:00

chem3d.pl 背景： http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=950202do=blogid=739794 由于openbabel不能把2d的sdf转成3d的SDF，同时保持构型 由于chemdraw，chem3d又属于商业软件，貌似没有提供API， 如果您知道chemdraw的API，请与我联系 744891290@qq.com 可能corina也能转3d且保持构型，由 ...

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maestro中小分子手性识别的问题

陈照强 2013-11-7 13:19

背景：在小分子质子化准备的过程中，我们希望保持小分子的自身的RS构型。 在chemdraw中的小分子，我们可以保存为2D的sdf，并在2D的sdf信息中记录构型的信息。 但是maestro是不能识别2D中的RS构型的。 • Maestro 中的 glide 不能保持 2D 的手性 • 80 多个天然产物结构经过 maestro ...

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perl的LWP 和linux 的crontab每天自动到小木虫上取金币

陈照强 2013-11-7 09:22

背景：论坛为了吸引人气，会推出虚拟金币活动，每天登陆可以领取金币，而金币又可以用来获得一些资料。 所以我就写了一个自动领取金币的小机器人。 方法介绍： 我不知道目前的浏览器是否可以调用里面的函数， 所以我自己创建了一个虚拟浏览器，这个浏览器必须自带cookie的功能 然后构建了一个请求，这个请求 ...

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