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置顶 · 个人新博客: 2020-2-24 22:24; 我的新博客主要用于分享药物设计软件的使用技巧和一些编程知识。欢迎大家访问我的新博客，和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/; 2758 次阅读|没有评论

pipeline无法正常启动的原因: 陈照强 2014-11-10 16:46; Pipeline Pilot failed to connect to the server please check the location is valid and the server is running 解决办法开启服务scitegic_apache; 个人分类: 系统|5753 次阅读|没有评论

pymol opengl cgo盒子的画法: 热度 1 陈照强 2014-11-10 10:56; 首先需要理解这个关键词TRIANGLE_STRIP, http://blog.csdn.net/xiajun07061225/article/details/7455283 http://game.ceeger.com/Script/GL/GL.TRIANGLE_STRIP.html 通过4个点来定义三角形带，来创建4个点的平面。 4个点的顺序是BACD,这样就能定义出上面的3角型条带。 ###################### ...; 4440 次阅读|2 个评论热度 1

pymol opengl cgo---面的画法: 陈照强 2014-11-9 21:48; 画面的必须元素 3个点确定一个面无需光照，不需要定义向量需要输入元素 3个点的坐标关键词BEGIN END TRIANGLES 可选元素颜色透明度等光照 ############################### obj = cmd.load_cgo(obj,'triangle'); 2416 次阅读|没有评论

pymol的opengl CGO--线段的画法: 陈照强 2014-11-8 20:27; ############### 需要的必须输入元素包括 1起点坐标 2终点坐标可选元素颜色线段的宽度关键词 BIGIN LINE END line.py ######################################## from pymol.cgo import * from pymol import cmd line = cmd.load_cgo(line,'linered', 1) ...; 3400 次阅读|1 个评论

Pymol函数cmd.load_cgo中的第3个参数的说明: 陈照强 2014-11-8 18:41; http://www.liv.ac.uk/~afcalder/apt3.html ############ cmd.load_cgo(obj,'segment', 1) Additional states can be appended quite simply like this. Note how thewireframe 'box' is recalled without having to restate the same vertexcoordinates and that the object name 'at ...; 个人分类: DrugDesign|3214 次阅读|没有评论

pymol的opengl CGO球体的画法: 陈照强 2014-11-8 16:39; pymol怎么画球需要的输入元素包括必备元素 1球的中心点的坐标 2球的半斤可选元素 1透明度ALPHA,0-1 2颜色rgb 脚本 sphere.py ################ from pymol.cgo import * from pymol import cmd spherelist = cmd.load_cgo(spherelist, 'A_easy') spherelist = cm ...; 4971 次阅读|没有评论

pymol的opengl CGO圆柱体的画法: 陈照强 2014-11-7 22:17; # Cylinder specification: set this to 9.0 or if you did from pymol.cgo import * you can then use CYLINDER, here. #怎么设置透明度 #a1, a2 #a1=25.0或者用ALPHA # a1=25 means 'ALPHA' (if you do from pymol.cgo import * you can then use CGO ...; 5165 次阅读|2 个评论

软件正常安装运行的时候出现segmentation fault的解决方案: 陈照强 2014-11-6 19:09; 背景在有些机器上可以正常安装autodock，然后正常运行有些机器可以正常安装，但是不能正常运行，运行的时候报这个错segmentation fault 解决办法在Linux下写程序的时候，如果程序比较大，经常会遇到“段错误”（segmentation fault）这样的问题，这主要就是由于Linux系统初始的堆栈大小（stack size）太小的缘故 ...; 个人分类: DrugDesign|5711 次阅读|没有评论

如何提高使用Xftp的效率: 陈照强 2014-11-3 15:49; 1快速复制本地路径 2 在tools中选择options 然后勾选 show full path 桌面上的文件夹的全路径在xftp 中仅仅显示文件夹名称没有路径，但是不影响使用。桌面下的二级路径才会显示完整路径在windows的地址栏，输入文件夹名称默认是进入桌面的文件夹。 3 自由移动多个服务器的位置原始的布局是 ...; 个人分类: 系统|2790 次阅读|没有评论

ISIS/BASE 怎么快速创建新的数据库或者删除数据库中所有数据: 热度 1 陈照强 2014-11-1 00:01; ISIS/BASE 怎么快速创建新的数据库或者删除数据库中所有数据需求背景：我们课题组利用ISIS/base创建了一个化合物库，其它课题组发现这个很好，也想要我们的布局，他们需要一个空的数据库，在里面填充属于他们自己的化合物。我不知道怎么批量把我们的所有化合物删掉，然后把空的化合物库给他们用。我想到了一个间接 ...; 5445 次阅读|1 个评论热度 1

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