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multiwfn结合pymol绘制卤素sigma-hole区域

已有 4966 次阅读 2014-9-3 13:11 |个人分类:|系统分类:科研笔记

背景:

研究卤键肯定要绘制sigma-hole区域,multiwfn是分析表面静电势的好工具。其开发者sob熟悉VMD,

不熟悉PYMOL,所以她的博客中是Multiwfn 和VMD的联用。

精通一个软件的成本还是挺大的,尤其是熟练pymol的情况下,让我操作vmd,总是不愿意。

于是我试了下pymol,发现pymol也是可以绘制sigma-hole区域的。

知道sob静电势的表示原理:

静电表面极大值用C原子表示,极小值用O原子表示,静电势用B-factor表示。

方法:

首先用multiwfn产生3个pdb文件。

输入文件名xxx.fchk

选择12 quantitative analysis of molecule surface分析静电势表面

选择0 start analysis now  这一步是最消耗时间的那一步

选择2  export surface extrema as pdb file 导出极值点

选择5 export molecule as pdb format file 导出分子,然后被要求输入自定义分子名字

选择6 export all surface to vtx.pdb导出所有的分子表面

############################################

首先通过pymol分析极值点

导入2 5的pdb

具体分析方法就是把极值点当成原子来处理,在极大值点处通过label b-factor来显示静电势。

通过wizard-->measurement 来测量距离和角度。

#############################################################################

绘制sigma-hole表面

导入2 5 6得到的pdb,

由于分子表面原子非常多,所以非常消耗内存

导入以后的第一件事,就是选择极值点周围4A以内的原子,

掩藏分子表面,分子本身

点击选中极值点。

然后

得到这样的图

然后点击actiont-copy to object

然后删除分子表面的object.

这样内存就能承受了。

然后就是对分子表面按照b-factor 着色。

首先设置静电势表面的颜色,一般是3色策略,最大值是什么颜色,最小值是什么颜色,中间的什么颜色。

我们通过label b-factor能够确定极大值和极小值点4.21  -30

所以我这里设置

spectrum b,blue_white_red,obj01,minimum=-5,maximum=5

敲玩这个命令耐心的等一会儿,不要急着操作。

如果你的内存小于8G,就不要再使用ray操作.

对于obj01,show as stick;

set stick_transprancy,0.9,0bj01;

set label_size,20

set label_color,red

最后还需要添加一个color bar

下砸脚本

spectrumbar.py


http://www.pymolwiki.org/index.php/Spectrumbar


run spectrumbar.py

然后

specrtumbar red,white,blue

然后在qq截图添加数值

 




{


Assign color by B-factor

B-factor coloring can be done with the spectrum command. Example:

spectrum b, blue_white_red, minimum=20, maximum=50 as cartoon cartoon putty

}







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