背景：chemdraw画的2d分子（带有手型信息），通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展（原子和原子的距离太近），再配体准备之前，可以先优化下。

minimize_energy.spl

方法：在linux系统下使用sybyl

mol2的分子放在一个新建的文件夹如rawmol2

把附件中的spl文件也存放到rawmol2文件夹中

然后再这个rawmol2文件夹下再新建一个文件夹mini，用于存放优化后的分子

在ranmol2文件夹下，启动sybyl，点击file --〉take commands 找到spl文件运行即可

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致谢

xzj师兄指导下完成