博文
- Yii Framework 自定义排序的问题
- 没那个功夫仔细阅读 yii 的文档，赶鸭子上架般匆匆用它做了个网站，默认的功能里有些要改，费了老大子劲解决了一些，赶紧写下来。 有一列数据 A列 既包含数字也包含字符串，老板说排序的时候只对 数字排，字符串的都不要显示在前头，也就是说排序的时候忽略所有字符串。找了半天终于试出了一个可行的办 ...
- isPcr 和 blat 的error
- 有个本地版的blat和isPcr总是会方便很多的。 我在ubuntu 13.04安装isPcr时报错，解决了，按例记一下，备查。 下载地址： http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/ 或 http://genome-test.cse.ucsc.edu/~kent/exe/ 安装过程： 其实 echo $MACHTYPE返回的默认值是x86_64-pc-linux-gnu 所以需要export MA ...
- mysql获取ucsc信息
- cisgenome注释peaksshi时要用到ucscde的refgene table， 我总是会忘记它的title，得到结果时没法跟人交代每一列是什么意思。赶紧记一下一种简单的方法： mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -D hg19 -e 'select * from refGene where name= NM_000038 ' 会返回： | bi ...
- 用R去掉全是NA的行
- 我有1367*400的大矩阵，需要去掉全是NA的进行下一步计算。 不想另外写个脚本来处理，想着R肯定有快捷办法，google到了一个很管用的函数。 戳这里 http://stackoverflow.com/questions/6471689/remove-rows-in-r-matrix-where-all-data-is-na 我的矩阵是 as.matrix(read.table("file",header=T,sep="t",row. ...
- 用R画横向bar图
- 在barplo参数中加上horiz=TRUE参数。 我有一个小矩阵，第四列是目标数值，第二列是名字。 read.table(tmp.txt,header=T,sep=t)-x barplot(x ,col=blue,horiz=T,xlab=***,names.arg=x ) box() 最后加个box是为了加边框，就是这样了。 ps: 图中最下面的bar对应的才是x 。 ...
- 清理linux机器的内存
- free sync echo 3 /proc/sys/vm/drop_caches free 记录下，这个命令就可以了。
- ENCODE给SNP注释带来的机遇
- 今天看到一文，眼前一亮：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22955828 说的是非编码区的突变大多集中在DHS位点。 另一个学霸干脆就把ENCODE做出来的调控位点做成数据库regulomDB，大家把自己感兴趣的位点扔进去看看是不是在重要的调控位点就好了： http://regulome.stanford.edu 以后测序就别再吝啬于外 ...
- yii 新手上路
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老板想要把他们做的某个东西挂到网上，要做到可以查询浏览。 跑去w3cschool （http://www.w3school.com.cn/php/php_ref_mysql.asp 就这么简单）看了下php的sql函数，实现查询与浏览不难，可是页面太丑了，我又写不出来那些好看的css。 听说cs专业人士做网站都是用框架的，于是google查了下php框架，出来一堆推荐，也 ...
- linux 下copy file 总是问要不要overwrite怎么办
- 很多系统默认把cp命令alias成cp -i，所以root复制文件的时候总是问要不要覆盖，即使加了-f参数都不行。 如果不想unalias，可以在复制的时候写成cp source target 就好了。
- 随机取fastq序列
- 有时候为了看看测序深度对结果有什么影响，需要人为取原始序列的subset来分析下。 看到http://www.biostars.org/p/6544/ 这个讨论很好，随手记录下。 ShortReader的FastqSampler还算比较简单，序列较多的时候要很大内存。 我第一次在pc机上跑的时候发现一直没结果，但cpu一直在小量运行中，后来挪去大内存的server上很快 ...
