留言板
- [7]袁顺波
- 尊敬的科学网博客用户：
您好，诚恳地邀请您参与“科学网博客用户持续使用的影响因素”问卷调查，网址是：
http://www.sojump.com/jq/2250398.aspx，本次调查需要3-5分钟的时间，非常感谢！
- [6]董明
- 古细菌基因组，转录组，蛋白质组，相互作用组 都做了后，怎么利用这些信息？要从这些信息中找什么？
- 我的回复(2019-3-3 17:36)：主要还是分析其中的有用的、特殊的、或者没有的（死了的）蛋白质和酶
- [5]董明
- 古细菌基因组，转录组，蛋白质组，相互作用组的研究
古细菌基因组： 已经测了序了
转录组： 一个RNA-seq 就差不多乐
蛋白质组：过两个色谱柱， MudPIT 打两次，千把蛋白能打出吧？再多也不易了。
相互作用组：用tag 拉的？用什么tag? 是原位整合到基因上，野生水平表达还是用plasmid overexpress (这菌本身没质粒，转进质粒能长么？）
现在技术先进了，这些都不太难了。
做不做不同生长条件下的基因表达什么的？
synthetic biology 研究什么呢？ - 我的回复(2019-3-3 17:31)：不好意思，这个回复藏在我的版面的角落里，一直没看见。您问的是我研究的T. kodakarensis的菌的情况吗？其他的都大同小异，相互作用组就是用chaperonin拉的，因为T. kodakarensis有两个Cpn亚基，所以构建了单亚基敲除菌株，然后在不同的生长条件下分别拉。
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我的回复(2012-11-30 21:07)：大家感兴趣的还是差异化的组学，所以都是在不同培养条件下的比较。有了差异化比较结果之后，就能初步确定一些比较重要的或者你感兴趣的基因了，接下来的工作就比较好做。
转质粒可以长的，有一套能在 Thermococcus 能复制表达的人工质粒系统。
synthetic biology更多是一个概念，也有人叫做systematic biology 2.0.理性设计应该是最重要的理念吧， 我理解。是在系统生物学基础上的一个提高，向应用方面的一个更有效的实践。
你是读博么，还是博士后？
- [4]董明
- 我做过一些细菌的蛋白组，合作的人（Adam Arkin, Jay Keasling）在做细菌的系统生物学，所以稍微知道点。 现在在做果蝇的发育期间的基因调控网络。
Michael Adams 玩的 Pyrococcus 好像也能进行基因操作吧？
Thermococcus 是作为一个模型生物来研究，还是有什么实际应用？ - 我的回复(2012-11-30 20:59)：Pyrococcus 和 Thermococcus 是一个属的，Thermococcale，也能基因操作。我们组以前做过KOD DNA聚合酶，卖给TaKaRa了，算是一个小商品化了吧。实际应用我了解的不多，大多还在研究当中吧。俄亥俄州立大学的John N.Reeve 在做氢气发酵。你在能源部下属的实验室，应该有所耳闻吧，氢气发酵这些年人气比较高。
- [3]董明
- 基因组有了就 好办，嗜热的？这菌有什么好玩的地方值得研究？
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我的回复(2012-11-30 10:43)：它是为数不多的几个可以进行一般基因操作的古菌之一。因为它自身没有质粒。所以可以进行许多科学的实验设计。
你的主要方向是什么？你在的实验室名头很响啊。
- [2]董明
- 古细菌, 哪种古细菌？
- 我的回复(2012-11-30 09:50)：Thermococcus kodakarensis
- [1]董明
- 你也是做系统生物学的？具体做什么？
- 我的回复(2012-11-30 08:52)：古细菌基因组，转录组，蛋白质组，相互作用组的研究；synthetic biology的研究
