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评新冠肺炎病毒测序数据之争

已有 4905 次阅读 2020-2-17 16:08 |个人分类:生物|系统分类:海外观察| 新冠肺炎

人们在看待历史事件的时候,往往会错误地用事后知道的事实对之前的事情进行评判。2019年12月30日,武汉市卫生健康委员会发文紧急通知,称“我市华南海鲜市场陆续出现不明原因肺炎病人”。这个后来称为新冠的肺炎并无明显特征性症状,其病因也未知。武汉称之为“不明原因肺炎”是一个相当准确与负责的说法。其实,相关的科学研究在争分夺秒的进行。现在从发表的两篇论文可以看出这方面的努力。


一篇是复旦大学张永振教授团队于2020年1月7日,也就是武汉通知后一个星期,发给自然杂志的论文。这篇英文论文报道说,一名41岁的男性病人在2019年12月26日因发烧、胸闷、干咳等症状在武汉住院,各种抗菌、抗病毒治疗无效后,情况恶化后被转入ICU,6天后被转入另一个医院。武汉疾病防控中心(CDC)调查发现这名患者在武汉海鲜市场工作,接触过各种野生动物(但没有蝙蝠)。为查明原因,对其进行了支气管肺泡灌洗液提取(向肺中注入一些液体然后取出)进行分析。论文详细描述了取样分析的过程,包括使用的仪器,最终通过 RNA测序,确定了一种新的病毒。论文经过比对,结论该病毒与SARS的核酸相似度达 89.1%。(论文预印本链接:http://www.zhenzhubay.com/zzw/upload/up/2/b478967.pdf


1月10日,复旦团队把新冠病毒的RNA序列放在 http://virological.org/ 网站上供人下载。张永振教授附言到: “Please feel free to download, share, use, and analyze this data.” 但补充说,如果要发论文,请与他们联系。 1月12日,复旦团队又把序列公布在NCBI的基因库上。链接是 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947.1


两天之后,南开大学的高山团队对病毒基因序列进行了分析,并向《生物信息学》投稿。高山团队的论文认为,仅仅做遗传进化分析是不够的,应该同时进行蛋白质功能分析。根据他们之前用过的一些方法,高山团队分析结果称【武汉 2019 冠状病毒源自中华菊头蝠,但与 SARS 冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异 一致。】在论文的结尾处,高山团队对复旦大学张永振教授团队武汉 2019 冠状病毒基因组数据鸣谢。


高山团队的论文发表后,网上对其产生了很多争议,称其剽窃成果、抢论文。这个指责是没有根据的。Genbank https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ 网站就数据使用声明称:NCBI places no restrictions on the use or distribution of the GenBank data.。新冠病毒的基因数据是自然数据,是没有知识产权的。复旦大学测定这个数据的功劳也没有人去抢占。高山团队并未剽窃任何成果,而是对复旦大学公布的数据进行独立数据分析,其方法、结论与复旦的不相同。基因数据对于外行来说就是一串字母,高山团队在这么短的时间内能够完成数据分析,值得称赞。至于其方法、结果是否正确是个学术问题,更是个关系公共卫生安全的大问题。其他研究人员应该大力投入,一同努力找出正确的答案。在网上搜索,世界各国研究者纷纷给出了自己的分析结果。


回顾新冠病毒的发现与确认过程,中国科学界的反应速度之快得到了举世公认 -- 上面列出的时间序列也清楚地说明了这一点。那些事后诸葛亮对这个那个错误百般指责毫无必要。是人都会犯错误,专家的话大家其实不会当成圣经,出错后找替罪羊、要人头落地的心态要不得,大家注意卫生才是正道。新冠病毒的起源不知是天灾还是人祸,但有一点可以肯定,武汉与中国的迅速反应有效遏制了它的扩散。




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5 朱志敏 郑永军 王安良 蔡小宁 刘全慧

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