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Perl代码| 读书随想| 论文阅读| 生物信息学| 方法总结| troubleshooting|

R 语言中处理TOML 数据的 packages 有哪些？: 李雷廷 2018-12-23 11:33; TOML 是一种非常优秀的配置文件格式，既适合人类阅读，也是一种常用的机器可读的格式。TOML 是 Tom's Obvious Markup Language 的缩写。其中的 Tom 指的是 Tom Preston-Werner，是一名软件开发者、亿万富翁、开源社区的积极贡献者，主要居住于美国加州的旧金山。因其是 Github 的创建人及前 CEO 而广为人知。 ...; 2247 次阅读|没有评论

DNABarcodeCompatibility: 设计 DNA barcodes 的 R 包: 李雷廷 2018-12-22 16:28; 利用二代测序仪测序的一个文库是可以混合多个 DNA 文库的，混合文库的过程叫做 multiplexing。而为了从 multiplexed 文库的测序数据中无歧义地区分各个子文库，使用足够地 DNA barcodes 是极其重要的。2018 年 12 月 21 日，Bioinformatics 杂志在线发表了一篇题为“ DNABarcodeCompatibility: an R-package for optimizin ...; 4042 次阅读|没有评论

gmRAD: 李雷廷 2018-12-19 23:51; 限制性位点关联 DNA 测序（RADseq）是一种广泛地应用于群体遗传学、系统发生学和遗传图谱的有力工具。虽然目前有很多软件用于生态和进化研究，但从RADseq数据中提取基因型数据用于遗传作图的有效工具还很少。基因型数据是做数量性状位点定位、比较基因组学和基因组组装等研究的前提。 2018 年 11 月 14 日，南京 ...; 2301 次阅读|没有评论

PlantPAN3.0: 植物中利用 ChIP-seq 重建转录调节网络的资源: 李雷廷 2018-12-18 23:56; 2018年11月5日，Nucleic Acids Research 上在线发表了台湾和香港的学者 Chow 等人关于 PlantPAN 网站的第三个版本的论文。植物启动子分析浏览器（PlantPAN; http://plantpan.itps.ncku.edu.tw ）是针对植物基因预测调节原件和重建转录调节网络的有效资源。PlantPAN 3.0 版本中包含从78个植物物种中收集的 17239 个转 ...; 7933 次阅读|没有评论

【基因编辑】染色质可以抑制 Cas9 的脱靶效应: 李雷廷 2018-12-17 17:29; 为了研究真核细胞中染色质是否以及如何影响 CRISPR-Cas9 在靶和脱靶活性。2018 年 11 月 9 日，Genome Research 杂志 Daesik Kim 和 Jim-Soo Kim 在线发表了关于这一问题的研究结果。作者首先在人类基因组的染色质开放区域和染色质关闭区域分别鉴定了一系列的完全一致的内源 DNA 序列，然后利用 Cas9 与完全匹配和错配的 ...; 2983 次阅读|没有评论

polymapR: 构建多倍体 F1 群体遗传图谱: 李雷廷 2018-12-17 12:22; 多倍体物种中每条染色体有超过两个拷贝，世界上许多重要作物都是多倍体物种。多倍体遗传图谱的构建相比于二倍体要复杂得多，以致相关的软件工具非常稀少。对于多倍体作物的遗传研究和育种来说，设计专门的软件构建遗传图谱是很有必要的。 2018 年 10 月 15 日，Bioinformatics 杂志在线发表了 Bourke 等人完成的关于 p ...; 5328 次阅读|没有评论

【基因编辑】CRISPR-Local: 无参本地设计 sgRNA: 李雷廷 2018-12-14 17:27; 2018 年 11 月 30 日，Bioinformatics 杂志在线发表了华中农业大学 Jiamin Sun 等人完成的 CRISPR-Local 工具。CRISPR-Local 是一个在植物和其它物种中高通量设计 sgRNA 的本地工具。这一工具主要关注遗传变异，并为生成基因组规模的 sgRNA 做了优化。CRISPR-Local 相比于其它设计 sgRNA 的工具的优点在于：一、适用于无参 ...; 4744 次阅读|没有评论

SPRING: 一个新的 FASTQ 数据压缩工具: 李雷廷 2018-12-13 09:37; 高通量技术产生的巨量数据是以包含短的基因组序列、对应的质量数值和序列名称这些数据块的形式存在的。因为FASTQ数据集中这一显著的数据结构，通用的文件压缩工具（gzip, bzip2 等）不能很好地利用许多可继承地信息冗余。尽管现在已设计开发过很多 FASTQ 压缩工具，比如之前介绍过的 Quip 软件（《利用Quip软件压缩FASTQ/ ...; 4018 次阅读|没有评论

MapOptics: 一个轻量的、跨平台的光学图谱 alignment 数据可视化工具: 李雷廷 2018-12-12 20:09; Bionano光学图谱可以在基因组组装的最后步骤辅助将 scaffold 序列锚定到染色体序列。但现有的可视化工具局限于Windows 操作系统，一般是为大尺度结构变异而开发的。2018年12月7日，《Bioinformatics》杂志在线发表了 MapOptics 软件，这个软件是一个轻量的、跨平台的工具，可以让用户可视化 Bionano 光学图谱的 alignment ...; 2635 次阅读|没有评论

植物中 ABA 的功能: 李雷廷 2018-12-10 19:32; 上一篇博文《植物激素有哪些种类》中提到 ABA 是“脱落酸”的简称，那么ABA的功能就是促进植物叶片的脱落吗？ ABA 在发现之初确实认为其功能为参与叶片的脱落。但后来的研究发现，ABA只参与一少部分植物叶片的脱落，其主要在植物发育过程中起作用，包括种子萌发、气孔关闭、根的发育、非生物胁迫和衰老等。那么 ...; 8692 次阅读|没有评论

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