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Science | 揭开"隐性课程": 李雷廷 2019-5-22 21:39; 【本文翻译自 2019 年 5 月 17 日发表于 Science 杂志的短文 Uncovering the hidden curriculum，原作者为康奈尔大学的博士生Janani Hariharan，原文网址:https://doi.org/10.1126/science.364.6441.702】我走向教授，心扑通地跳。“我们可以谈论一下小组讨论吗？”我犹豫地问道。我硕士学位多数课程的 ...; 3826 次阅读|没有评论

Science | 为科学歌唱: 李雷廷 2019-5-16 23:28; 【本文翻译自 2019 年 5 月 3 日发表于 Science 杂志 Working Life 专栏的短文 Singing for science，原作者为哥伦比亚大学的博士研究生 Mike Z. He，原文 DOI: 10.1126/science.364.6439.506 】午夜醒来，辗转难眠，感觉我到了人生的最低谷，对于完成博士学位几乎无望。在同意放弃唱歌后仅过八天，感觉却像是永 ...; 3446 次阅读|没有评论

Plant Cell | 花分生组织中抑制 WUSCHEL 基因表达的分子机制: 李雷廷 2019-5-13 13:57; 2019 年 5 月 8 日，Plant Cell 杂志上报到了题为“Integration of transcriptional repression and Polycomb-mediated silencing of WUSCHEL in floral meristems” 的论文。通过对 WUSCHEL (WUS) 基因的定时抑制，拟南芥花分生组织在心皮原基出现后停止生长，这对于植物干细胞的维持是必要的。在花发 ...; 5137 次阅读|没有评论

ASTRAL-MP：通过随机化和并行化将 ASTRAL 扩展到非常大的数据集: 李雷廷 2019-3-31 23:15; 01 — 2019 年 3 月 23 日，Bioinformatics 杂志上在线发表了由加州大学圣地亚哥分校 Siavash Mirarab 实验室完成的 ASTRAL-MP 软件。这个软件的主要功能是通过大量基因树推断物种树（进化基因组学）。相比于之前版本的 ASTRAL 软件，ASTRAL-MP 可以通过并行运算的方式处理更大的数据集。 02 — ...; 7042 次阅读|没有评论

GenomeWarp: 不同 assembly 之间高效转换 gVCF 文件的坐标: 李雷廷 2019-3-28 12:07; 01 — 2019 年 3 月 27 日，Bioinforamtics 杂志上在线发表了由 Verily 生命科学公司、Google 公司和卡耐基·梅隆大学的学者完成的 GenomeWarp 工具，是一个基于 alignment 的变异数据坐标转换工具。GenomeWarp 相比于其它同类软件的优势在于可以精确转换 gVCF 格式的文件。 02 — 大家在使用 GATK ...; 4541 次阅读|没有评论

FLAS: 快速、高通量的 PacBio long read 自矫正算法: 李雷廷 2019-3-22 21:07; 01 — 2019 年 3 月 21 日，Bioinformatics 杂志上发表了北京交通大学、北京理工大学和美国加州大学河边分校的学者完成的关于 PacBio long read 的自矫正算法，命名为 FLAS，特点为速度较快、通量较高。 02 — 三代测序平台 PacBio 产生的 long read 因其非常大的 read 长度而大大帮助了测序项目。但 ...; 3723 次阅读|没有评论

PopLDdecay: 基于 VCF 文件的快速、高效计算连锁不平衡的工具: 李雷廷 2019-3-20 09:37; 01 — 2018 年 10 月 15 日，Bioinformatics 杂志上在线发表了 PopLDdecay 软件，用于分析连锁不平衡的衰减（Linkage disequilibrium (LD) decay）。PopLDdecay 可以直接读取 VCF 文件，相比于计算 LD 常用的 PLINK 软件，这一特点简化了格式转换的繁琐。 02 — 连锁不平衡的衰减（Linkage disequili ...; 20136 次阅读|没有评论

利用 Chrome 浏览器提取 PDF 文档: 热度 2 李雷廷 2019-3-4 14:13; PDF 文档的使用范围很广，但有的时候需要提取 PDF 文档却茫然无所适从。Adobe Acrobat Pro 是一个专业处理 PDF 文档的工具，可以方便地实现这一功能，但因其较高的价格，普及率并不高。许多在线工具也可以做到，只是有的版式混乱，有的网速较慢，不太方便。其实仅仅使用很常见的 Chrome 浏览器就可以实现这一目的。非常简 ...; 8528 次阅读|2 个评论热度 2

安装 MareyMap 软件: 李雷廷 2019-1-31 14:07; MareyMap 是一个基于 R 语言的有图形界面的用于估计基因组重组率的软件（ Rezvoy et al, 2007 ）。具体安装环境为，操作系统版本 OS X Yosemite (10.10.4)；R 语言版本: version 3.2.2；MareyMap 软件版本 version 1.3.1。首先，从 CRAN （The Comprehensive R Archive Network）网站上下载 MareyMap 最新版 ...; 2982 次阅读|没有评论

安装 Picard 软件: 李雷廷 2019-1-31 14:06; 操作系统为 CentOS 6.5。首先，从 Github 网站上下载最新版本的 Picard 软件包。看到 Picard 需要的 Java 版本为 1.8，而服务器的 Java 版本太低。于是，从 Java 官网下载最新版本的 JDK (Java SE Development Kit, Linux x86_64, rpm 版本)，安装后还是不能正常运行。利用 rpm -q -a | ...; 9431 次阅读|没有评论

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