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Crisflash: 基于VCF文件设计CRISPR guide RNA的软件
李雷廷 2019-1-21 10:26
前面的推文介绍过针对人类基因组设计 sgRNA 的网页工具 PAVOOC 和针对植物基因组设计 sgRNA 的在线工具和软件 CRISPR-Local 。今天再介绍 一个 2019 年 1 月 12 日发表于 Bioinformatics 杂志上的设计 sgRNA 的软件 Crisflash。 01 — 论文的题目为:Crisflash: Open-source sof ...
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GTRD:基因转录调节数据库-2019年更新
李雷廷 2019-1-4 19:35
2018 年 11 月 16 日,俄罗斯的研究者 Yevshin 等在 Nucleic Acids Research 杂志上发表了一篇题为“GTRD: a database on gene transcription regulation—2019 update”的论文。 目前版本的基因转录调节数据库(GTRD,网址:http://gtrd.biouml.org)包括以下这些信息: 通过人类( Homo sapiens )、小鼠( ...
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STRING v11: 蛋白互作网络数据库
李雷廷 2019-1-3 18:50
2018 年 11 月 22 日,瑞士、丹麦、西班牙、美国和德国研究者在 Nucleic Acids Research 杂志上在线发表了题为“STRING v11: protein–protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets”的论文,介绍了 STRING 数据库的第 11 个版本。 ...
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BioGRID 互作数据库:2019年更新
李雷廷 2019-1-2 22:05
01 — BioGRID BioGRID 是 Biological General Repository for Interactionh Datasets 的缩写(网址为https://thebiogrid.org),是一个公开的数据库,主要记录、整理包括蛋白、遗传和化学互作的数据,涵盖人类和所有主要的模式生物。BioGRID 网站的主页如下,使用起来也比较简单,只需要输入一个基因ID ...
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KrakenUniq: 一个新的宏基因组学聚类软件
李雷廷 2018-12-29 08:07
01 — 宏基因组学分类器 宏基因组学(Metagenomics)主要研究直接从环境中获得的基因组序列。宏基因组学分类器(Metagenomics classifier)主要解决的问题是对一个数据集中每一条 read 做分类,确定其所属的物种。宏基因组学数据一般包含超过千万条 reads 序列,因此一般通过 k-mer 的方法统计 reads 数量 ...
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DNABarcodeCompatibility: 设计 DNA barcodes 的 R 包
李雷廷 2018-12-22 16:28
利用二代测序仪测序的一个文库是可以混合多个 DNA 文库的,混合文库的过程叫做 multiplexing。而为了从 multiplexed 文库的测序数据中无歧义地区分各个子文库,使用足够地 DNA barcodes 是极其重要的。2018 年 12 月 21 日,Bioinformatics 杂志在线发表了一篇题为“ DNABarcodeCompatibility: an R-package for optimizin ...
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PlantPAN3.0: 植物中利用 ChIP-seq 重建转录调节网络的资源
李雷廷 2018-12-18 23:56
2018年11月5日,Nucleic Acids Research 上在线发表了台湾和香港的学者 Chow 等人关于 PlantPAN 网站的第三个版本的论文。 植物启动子分析浏览器(PlantPAN; http://plantpan.itps.ncku.edu.tw )是针对植物基因预测调节原件和重建转录调节网络的有效资源。PlantPAN 3.0 版本中包含从78个植物物种中收集的 17239 个转 ...
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【基因编辑】染色质可以抑制 Cas9 的脱靶效应
李雷廷 2018-12-17 17:29
为了研究真核细胞中染色质是否以及如何影响 CRISPR-Cas9 在靶和脱靶活性。2018 年 11 月 9 日,Genome Research 杂志 Daesik Kim 和 Jim-Soo Kim 在线发表了关于这一问题的研究结果。作者首先在人类基因组的染色质开放区域和染色质关闭区域分别鉴定了一系列的完全一致的内源 DNA 序列,然后利用 Cas9 与完全匹配和错配的 ...
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polymapR: 构建多倍体 F1 群体遗传图谱
李雷廷 2018-12-17 12:22
多倍体物种中每条染色体有超过两个拷贝,世界上许多重要作物都是多倍体物种。多倍体遗传图谱的构建相比于二倍体要复杂得多,以致相关的软件工具非常稀少。对于多倍体作物的遗传研究和育种来说,设计专门的软件构建遗传图谱是很有必要的。 2018 年 10 月 15 日,Bioinformatics 杂志在线发表了 Bourke 等人完成的关于 p ...
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