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2019 年 3 月 23 日，Bioinformatics 杂志上在线发表了由加州大学圣地亚哥分校 Siavash Mirarab 实验室完成的 ASTRAL-MP 软件。这个软件的主要功能是通过大量基因树推断物种树（进化基因组学）。相比于之前版本的 ASTRAL 软件，ASTRAL-MP 可以通过并行运算的方式处理更大的数据集。

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基因组不同区域地进化历史可以是不同的。基因树之间不一致的情况促使研究者们开发归纳性的方法，也就是根据一组输入的基因树推断物种树。ASTRAL 是一种常用方法，并且已经可以处理相对大的数据集。但随着基因组数据的规模不断膨胀，ASTRAL 单线程运行的特点使得 ASTRAL 的运行速度依然不能让人满意。ASTRAL 使用了动态编程，不能很好地并行运算。这篇论文作者介绍的 ASTRAL-MP 是 ASTRAL 的首个应用并行运算的版本，并且还使用了随机化技术来加速其中的几个步骤。重要的是，ASTRAL-MP 不仅可以利用多个 CPU 核心，还可以利用一个或多个 GPU。ASTRAL-MP 利用多个 CPU 核心后运行速度得到了极大地提升，其通过 OpenCL 部署的 GPU 版本相比于 ASTRAL-III 在速度上可以提高 158 倍。利用 GPU 和多核 CPU，ASTRAL-MP 可以在两天内完成一万个物种，超过十万个基因的分析。

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ASTRAL-MP 的源代码地址为：https://github.com/smirarab/ASTRAL/tree/MP-similarity。ASTRAL-MP 是通过 Java 编写的，支持包括 Windows, Linux 和 MacOS 等多平台运行。

准备输入文件：

1. 输入的基因树应该是 Newick 格式的

2. 输入的基因树可以存在缺失的类群

3. 类群的名字中不能出现引号，也就是说不能在类群名字中使用奇怪的符号（比如问号 ？）

4. 如果一个物种存在多个个体，可以让 ASTRAL 将它们在物种树中放一起。为实现这一点需要通过 -a 参数给 ASTRAL 传递一个文件来说明哪些个体属于同一个物种，文件格式可以是下面两种之一，每一行代表一个物种。

ASTRAL-MP 的用法如下，通过 -i 制定输入文件，通过 -o 指定输出文件即可。

参考文献：

1. Yin, John, Chao Zhang, and Siavash Mirarab. “ASTRAL-MP : Scaling ASTRAL to Very Large Datasets Using Randomization and Parallelization.” Bioinformatics in press (2019). http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz211