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[6]梅卫平   2016-10-17 17:31
在R中运行PERVANOVA和pair-wise comparison 的R代码请参考:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=651374&do=blog&id=1009079
[5]王庆   2016-10-10 10:18
是啊!就是PERMANOVA!我打错了!我阅读文献时,国外作者用的PRIMER软件做不同处理间微生物群落差异,用的是两两比较的方法!我现在的实验处理是:2个水分(高和低);3种不同的氮肥(control, AS, PN);我想两两比较组间的土壤微生物群落差异,现在不会做了,迫切想从您那得到解决方案!
我的回复(2016-10-11 16:02):今天有空对比了下R,PRIMER7 ,PAST三个软件对PERMANOVA的处理结果,R的处理效果比较差,且当group大于2组时,R与其他两个软件结果会出现不同结果的情况,特此告知。也感谢您提出的问题,谢谢。
我的回复(2016-10-10 13:18):刚写的博文,欢迎查看,在R中运行PERMANOVA(初稿) http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=651374&do=blog&id=1007788

如有问题,欢迎您提出宝贵意见和建议,谢谢

您的数据可以尝试把FishEnv.csv中的列1写为control1,AS1,PN1,control2,AS2,PN2;相应地列2-Group表示水分写为1,1,1,2,2,2
然后FishBio.csv中的数据按照相同的每一行对应的数据(高水分control组应该也有很多个测量数据吧,在相应的某一行写入数据)写入后进行R分析
[4]王庆   2016-10-9 20:16
您好!非常感谢您的分享!请问怎样在R中运行PERVANOVA和pair-wise comparison 分析!谢谢!
我的回复(2016-10-9 21:42):您好,您说想说PERMANOVA吗?
[3]王庆   2016-10-9 20:14
你好
[2]DoctorQianLM   2016-7-19 22:13
您好,最近做聚类分析,已经有了距离矩阵excel表,如何用R语言聚类分析
我的回复(2016-7-20 14:19):其中根据不同的距离矩阵,上述method距离算法(如ward算法)的选择请参考博文http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=651374&do=blog&id=988817
我的回复(2016-7-20 14:16):将excel距离矩阵文件另存为.csv文件,然后倒入到Rstudio中,然后写入代码:hclust.ex <- hclust(distance.ex,method="ward.D2")#其中distance.ex为您的csv文件名。
plot(hclust.ex,hang=-1)#  作树状图。
[1]shenlu   2016-7-18 21:55
http://blog.sciencenet.cn/blog-38450-803272.html
我的回复(2016-7-20 14:25):  
我的回复(2016-7-20 14:24):&#128512;

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