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Nature Communications│美国博伊斯汤普森植物研究所研究者揭示番茄育种过程中基因组的结构变异

已有 2675 次阅读 2020-11-17 19:21 |系统分类:论文交流

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2020 年11 月16 日,美国博伊斯汤普森植物研究所(Boyce Thompson Institute) 的 Zhangjun Fei 和Shan Wu 团队合作在Nature Communications 发表了题为Genome of Solanum pimpinellifolium provides insights into structural variants during tomato breeding的研究论文。文章研究揭示了番茄育种过程中基因组的结构变异,这为为今后的研究和基于生物多样性的育种提供了丰富的资源



番茄的野生近缘种Solanum pimpinellium (SP) 是栽培番茄的野生祖先。由于SP 具有显著的抗逆性和强烈的风味,已成为现代番茄育种的重要种质资源。本研究报道了一个高质量染色体水平的SP LA2093 的基因组序列。基因组比较确定了LA2093 和现代品种Heinz 1706 之间的92000 多个结构变异(SVs)。对约600 份具有代表性的番茄种质资源进行基因分型,确定了在番茄驯化、改良和现代育种过程中所选择的等位基因,并发现了大量SVs 重叠基因,已知这些基因可以调节果实重量和番茄红素含量等重要育种性状。表达数量性状位点(eQTL) 分析检测了控制果实重要品质性状的主要调控因子的热点,包括表皮蜡的积累和类黄酮的合成,以及这些复杂调控网络的SVs。


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番茄驯化育种中SVs 的选择 


综上,LA2093 基因组序列和已鉴定的SVs 为今后的研究和基于生物多样性的育种提供了丰富的资源。

 

文章链接:https://www.nature.com/articles/s41467-020-19682-0




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