写在前面

上次介绍了一款miRNA富集分析在线工具miRPath（miRNA富集分析之miRPath），但该工具只能够进行miRNA在KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，https://www.kegg.jp/）信号通路方面的富集分析。如果我想要富集其他表型，怎么办？这次就介绍一款miRNA富集分析在线工具TAM（http://www.lirmed.com/tam2/）。

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TAM历史

TAM（图1）是比较早做miRNA富集分析的在线分析工具，2010年第一版本，2018年第二版本问世。TAM第二版本比第一版本的数据量翻了两倍，因此在挖掘miRNA背后的生物功能和疾病过程方面更加精准。所以，使用TAM进行miRNA富集分析的时候，直接考虑TAM 2.0即可。

图1 TAM 2.0主页

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TAM 2.0能做什么？

TAM 2.0能够预测给定miRNA集关联的功能（Function）、疾病（Disease）、转录因子（Transcription Factor）、类别（Cluster）、家族（Family）、组织特异性（Tissue Specificity）和细胞特异性（Cell Specificity）。这里需要说明的是，miRNA与这些表型的关系数据都是直接数据，并不是间接数据。其他基本的Web server功能，例如，可视化、检索、下载等都能提供。Enjoy it！

后话

miRNA富集分析的准确度取决于miRNA与表型关系数据的全面程度。数据量大并且精确，对于后续的富集分析是大有裨益的。TAM 2.0专注于人类miRNA的富集分析，有没有工具能够做多个物种miRNA富集分析呢？下回见！

参考文献：

[1] Lu M, Shi B, Wang J, Cao Q, Cui Q. TAM: a method for enrichment and depletion analysis of a microRNA category in a list of microRNAs. BMC Bioinformatics. 2010;11:419.

[2] Li J, Han X, Wan Y, et al. TAM 2.0: tool for MicroRNA set analysis. Nucleic Acids Res. 2018;46(W1):W180-W185.

更多背景知识如下：

1. ​miRNA是何方神圣？

2. ​What？植物miRNA能够调控动物靶基因？

3. miRNA也走非主流路线！

4. Tools4miRs：只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

号外，ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流，我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。