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xvg曲线中心移动平均平滑脚本: 李继存 2017-5-11 08:21; 2017年05月10日 18:25:47 在查看GROMACS分析程序生成的xvg文件时, 有时候曲线不够平滑, 上下波动很厉害. 为美观或其他目的有时候需要对曲线进行平滑. 常见的绘图软件一般都支持曲线平滑, 可选方法也很多. 其中最简单的是移动平均算法(moving average). 但简单的移动平均算法平滑出来的曲线存在滞后性, 对于有峰和谷的 ...; 2940 次阅读|没有评论

随机抽样一致性算法matlab示例代码: 李继存 2017-5-6 10:12; 2017年05月05日 21:05:05 前一篇博文曾提到随机抽样一致性算法, 这里给出一段利用这种方法计算扩散系数的matlab示例代码. 代码中同时测试了matlab的全局优化算法. msd.m 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 ...; 5539 次阅读|没有评论

扩散模式的分类以及扩散系数的计算: 热度 2 李继存 2017-5-3 09:06; 2017年05月02日 19:58:51 看到一篇科技论文的报道纳米粒子反常受限扩散研究获得进展 , 是有关扩散的, 就顺便整理一下与扩散有关的理论知识, 这些知识在利用分子动力学模拟研究扩散现象时可能会用得上. 扩散模式的不同分类使用MD计算粒子的扩散系数时, 一般都是基于粒子进行布朗运动, 遵循简单的扩散模型. 实际上, ...; 23675 次阅读|6 个评论热度 2

GROMACS多糖模拟简单示例: 李继存 2017-4-11 09:49; 2017年04月10日 20:42:32 以前, 使用MD模拟糖分子并不容易，因为针对蛋白质和核酸设计出来的力场用在糖分子上不大合适, 因此需要对常用力场进行修正. 可参考下列文献(文献稍老, 请查阅更新的) CHARMM: Carbohydrate Solution Simulations: Producing A Force Field With Experimentally Consistent Primary Alcoho ...; 10917 次阅读|没有评论

Amber构建糖蛋白的方法: 李继存 2017-4-7 07:37; 2017年04月06日 18:29:59 翻译: 房筱; 校对: 李继存【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6.3 使用LEaP构建糖蛋白本节给出的LEaP命令假定你已经有一个包含糖分子和蛋白质的PDB文件, 并且二者之间的相对构象适当. 即便是为了将最简单的糖与最简单的蛋白质相连接, 也需要你对LEaP命令有透彻的理解, 但这超出了本节的目 ...; 6379 次阅读|没有评论

Amber构建脂分子的方法: 李继存 2017-4-6 08:29; 2017年04月05日 19:23:46 【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6.2 使用GLYCAM-06参数构建脂分子遵循这里讲述的步骤, 用户可以得到一个简单的脂分子, 但在构建过程中我们没有考虑它的轴向排列情况. 脂双层通常放置在直角坐标系统的(x, y)平面内, 这要求每个脂分子以从亲水”头”端到憎水”尾”端的顺序沿z方向排列. ...; 3413 次阅读|没有评论

Amber构建寡糖的方法: 李继存 2017-4-4 09:55; 2017年04月03日 20:43:00 【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6 构建寡糖, 脂和糖蛋白GLYCAM网站支持的功能 GLYCAM网站可以自动生成下面的分子, 且支持许多附加选项. 该网站的功能正在扩展中, 目前可用的功能包括: 寡糖, 线性和枝状的糖蛋白, 与O或N相连的, 含有多个糖单元通过URL构建寡糖 AmberTool ...; 5013 次阅读|没有评论

糖及其GLYCAM力场中的命名约定: 李继存 2017-3-31 22:34; 2017年03月31日 09:06:33 子曰：“必也正名乎！名不正，则言不顺；言不顺，则事不成。故君子名之必可言也，言之必可行也。” 　　　　　　　　　　　　　　　　——《论语·子路》道可道非常道。名可名非常名。无名天地之始。有名万物之母。　　　　　　　　　　　　　　　　——《老子·第一章》【按】以下说 ...; 10077 次阅读|没有评论

统计轨迹中分子速度大小沿某一方向的分布: 李继存 2017-3-29 22:31; 2017年03月29日 09:25:09 写过一个简单的awk脚本, 用来统计轨迹中水分子的质心速度大小沿坐标的变化情况, 目的是可以用来拟合计算粘度. 具体的计算方法可参考: A Comparison Of The Value Of Viscosity For Several Water Models Using Poiseuille Flow In A Nano-channel A. P. Markesteijn, Remco Hartkamp, S. L ...; 2179 次阅读|没有评论

【整理】APBS教程: 李继存 2017-3-13 10:26; 2017年03月12日 20:57:37 【按】在算MM/GBSA或MM/PBSA时可能会用到APBS程序. 网上有一个此程序低版本文档的翻译, APBS教程 . 翻译得不够专业, 也不大通顺, 但大致可以作为入门资料. 我对这份文档稍加整理, 希望对将要使用APBS的人有所帮助. 大致而言, 对要使用APBS做静电势能表面图的人, 参考文档前三章足够了; 对要 ...; 21727 次阅读|没有评论

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