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GROMACS非标准残基教程2：芋螺毒素小肽实例: 李继存 2017-9-25 15:45; 2017-09-22 22:23:42 整理: 李睿; 补充: 康文渊; 修订: 李继存在本教程的第一部分中, 我们整理了GROMACS处理非标准残基的理论流程, 但如果你不熟悉GROMACS的力场结构, 单单根据那个流程来处理非标准残基仍然存在很大困难. 为此, 在本教程的第二部分中, 我们以一个具体实例来说明使用GROMACS时, 如何处理非标准残基, ...; 8683 次阅读|没有评论

GROMACS非标准残基教程1：修改力场与增加残基: 李继存 2017-9-14 22:22; 2017-09-14 22:02:05 原始文档本篇底稿为GROMACS处理非标准残基的官方文档, 翻译扩充作为非标准残基处理的基础知识. 修改力场在GROMACS 4.5及更高版本中, 修改力场的最好方法是先将已有力场的目录完全复制一份到你的工作目录下, 例如: cp -r $GMXLIB /residuetypes.dat $GMXLIB /amber99sb.ff . 然后再修 ...; 11904 次阅读|没有评论

拼接分子的简单脚本: 李继存 2017-8-27 10:18; 2017-08-27 05:51:29 感谢李传玺整理说明在分子建模, 特别是聚合物建模过程中, 有时我们需要构建具有周期性重复结构的分子, 或者是具有不同聚合度的分子. 虽然有些可视化的建模软件支持这种功能, 但使用起来不一定方便, 所以我还是写了一个简单的bash脚本来做这件事情, 放在这里备份下, 也供需要的人参考. 脚本主 ...; 3119 次阅读|没有评论

使用GROMACS计算红外光谱: 李继存 2017-8-20 14:59; 2017-08-20 14:13:12 上一篇博文【整理】使用分子动力学模拟红外光谱中整理了根据分子动力学模拟计算红外光谱的理论基础知识, 既然已经知道了计算方法, 剩下的就是如何实现了. 实际上只要有了体系偶极矩的演化数据, 计算其自相关函数, 再计算自相关函数的傅立叶变换是个很常见的需求, 很多程序和软件都可以实现. ...; 7999 次阅读|没有评论

【整理】使用分子动力学模拟红外光谱: 李继存 2017-8-16 04:01; 2017-08-16 03:54:21 整理王喜军的几篇博客文章, 作为分子动力学模拟红外光谱的基础知识. 如何用分子动力学来模拟液体的红外光谱？化学中经常用红外光谱来分析溶液的组成和变化，因为某些分子基团有红外特征指纹。问题是，溶剂和溶质的峰常常叠在一起，分析起来甚是棘手。所以，我们可以借助于分子动力学模拟来模 ...; 9563 次阅读|没有评论

GROMACS培训: 热度 1 李继存 2017-7-5 09:37; 21世纪的科学已经不再是实验与理论平分秋色, 而是实验, 模拟, 理论三分天下. 模拟是联系理论与实验的纽带, 在解释实验现象, 预测理论结果中起着关键作用. 对于研究分子的学科, 无论你从事哪一领域的研究, 理解并实践分子模拟都能为你开启通往更深洞见的大门, 并潜移默化地改变你的思考方式, 增强你对新问题的分析力与洞察 ...; 19634 次阅读|2 个评论热度 1

GMXTOP：OPLSAA力场的GROMACS拓扑文件生成器: 李继存 2017-6-30 10:54; 2017-06-29 21:46:49 使用GROMACS进行分子动力学模拟时, 获得体系的拓扑文件是关键, 也是难点. 虽然有些辅助工具可以直接获得一些分子的拓扑文件, 但你仍然需要对得到的拓扑文件进行仔细检查, 否则的话, MD过程中出现问题很难排查. tppmktop 是获得有机分子OPLSAA力场拓扑文件的好工具, 但也存在一定的不足. 一是不 ...; 8984 次阅读|没有评论

使用GROMACS计算径向分布函数: 李继存 2017-6-23 11:19; 2017-06-22 21:54:18 使用GROMACS计算径向分布函数和配位数比较简单, 只要了解一下gmx rdf程序的使用即可. 但即便是简单的工作, 有时候也需要我们稍微深入思考一下, 如何才能做得更快更好, 如何才能尽量减少重复运行所需的时间. 只有这样, 我们才能不断突破自己的心理舒适区, 提高自己. 否则的话, 每次都暴虎冯河, 自 ...; 14254 次阅读|没有评论

【转载】[在人间]第48期：一所山村小学的日常: 李继存 2017-6-2 09:40; 大华村小的一天，从清晨开始。尽管已经是早上九点左右，阳光依然没能穿透厚厚的晨雾。狭窄的山路上，零零星星地走着几个背着书包的孩子。尽管都是本村的孩子，但学校在山上，孩子们需要一大早就出门，走几十分钟的山路。与此同时，代课教师陈芳也从家里出发了。背上的背篓里装满了土豆，手里还抱着一个大南瓜— ...; 2650 次阅读|没有评论

四种计算自由能方法的原理示例教程: 李继存 2017-5-24 22:09; 原始文档 Calculating Free Energies 2017-05-24 07:18:53 【按】本教程以一个简单实例对计算自由能的四种方法进行了示例. 教程没有过度讲解原理, 而是从实际操作出发, 教你如何手动计算. 知晓了具体的计算操作过程对理解其他自由能计算程序的计算原理和计算结果很有帮助. 故翻译此教程供参考. 在本教程中, 我 ...; 11607 次阅读|没有评论

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