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科技绘图的调色板: 李继存 2018-8-21 09:59; 2018-08-20 20:36:41 最近作图的时候, 总觉得默认的线条颜色不是很美观, 就花了点时间, 将常见绘图软件所用的调色板整理总结了一下. 所参考的软件包括: origin2017 matlab python的matplotlib及seaborn Tableau d3 colorbrewer 网上相关的资料也有很多, 就不重复了. 下面给出我整理的 ...; 3809 次阅读|没有评论

origin自动载入xvg数据作图: 李继存 2018-8-7 09:41; 2018-08-06 20:39:48 origin是使用很广泛的绘图软件, 用起来也很方便. 2017版本的origin 支持命令行调用, 这样我们就可以利用Windows的命令行自动执行origin载入数据并绘图, 达到双击数据文件即可出图的目的. origin自动绘图的实现参考了利用windows批处理实现自动绘图 . 里面给出的代码我修改了一下 ...; 8660 次阅读|没有评论

鹰与箭: 热度 1 李继存 2018-8-7 09:39; 2018-08-06 20:40:00 前些日子偶然看到有人评论说, 姬建国翻译的小说Once An Eagle 很好, 就浏览了一下相关信息 . 这本小说的名称来源于其开头的一则寓言: So in the Libyan fable it is told That once an eagle, stricken with a dart, Said, when he saw the fashion of the shaft, “With our own feathers, n ...; 2603 次阅读|1 个评论热度 1

绝望之于失望, 正与希望同: 李继存 2018-7-23 10:26; 2018-07-22 21:26:48 最近看了两部纪录片: 《出·路》, 《中国日结1500日元的年轻人们》. 前一部类似英国的《56UP》, 关注追踪孩子的成长; 后一部则关注所谓的”三和大神”, 也就是那些底层青年. 鲁迅在《希望》一文中曾说: 绝望之为虚妄, 正与希望相同. 我套用这话作为观后感吧: 绝望之于失望, 正与希望同. 鲁迅《 ...; 3049 次阅读|没有评论

MSD算扩散系数的几种方法: 李继存 2018-7-20 11:34; 2018-07-19 22:10:28 利用均方位移MSD算扩散系数时, 最重要的是确定线性拟合的区间. 这在以前的博文中有说明. 在这里我总结一下确定拟合区间的几种方法, 并给出matlab代码供参考. 确定拟合区间的方法主要有下面几种: 动态扩散系数(RDC), 也就是查看MSD/6t的变化稳健拟合最小协方差行列式方法 ...; 13564 次阅读|没有评论

GROMACS团簇分析代码: 李继存 2018-7-12 09:47; 2018-07-11 20:41:53 以前简单说过使用GROMACS进行团簇分析的方法 , 是利用脚本组合 mdmat 和 cluster 这两个工具完成的. 最近又需要进行团簇分析, 就把这两部分的代码整理了一下, 组合成一个新程序 mdcluster , 并将其编译为GROMACS的内置模块, 这样就可以直接 gmx mdcluster 调用了, 更方便, 速度也更快了 ...; 6392 次阅读|没有评论

GROMACS编写轨迹分析工具的示例代码(gmx2018.2): 李继存 2018-7-10 09:23; 原始文档 2018-07-09 20:17:46 翻译: 苏耿; 校对: 包磊 GROMACS安装包括了一个使用轨迹分析框架编写轨迹分析工具的模板。它可以从安装目录下的 share/gromacs/template/ 和源代码分发中的 share/template/ 中找到。该文档的完整源代码也包含在本文档中： template.cpp 本页的其余部分将介绍代码 ...; 2702 次阅读|没有评论

GROMACS轨迹分析框架(gmx2018.2): 李继存 2018-7-9 10:43; 原始文档 2018-07-08 21:38:22 翻译: 包磊; 校对: 苏耿 GROMACS提供一种能够实现进行灵活轨迹分析的框架. 这个框架由几个组件组成, 这些组件可以单独使用, 但是在大多数情况下, 最好使用所有组件的功能来充分利用这个框架. 该框架主要的特点如下：支持灵活地选择一组坐标用于分析, 这些坐标可以是动 ...; 5109 次阅读|没有评论

AMBER高级教程A15：室温离子液体: 李继存 2018-6-29 07:16; 原作: Chris Lim and David A. Case, 原始文档 2018-06-28 17:45:16 翻译: 刘胜堂, 唐小峰(苏州大学) ( 译者注 : 离子液体指全部由离子组成的液体, 常见的盐需要在高温下才呈现液态, 如KCl, KOH等, 而在室温或者室温附近呈液态的由离子构成的物质称为室温离子液体, 如本教程中提到的室温离子液体 ...; 11041 次阅读|没有评论

gnuplot绘制RMSD的统计直方图: 李继存 2018-6-26 10:14; 2018-06-25 21:01:24 在进行蛋白的分子动力学模拟时, 经常需要查看RMSD, 看蛋白是否已经稳定. 计算RMSD的方法很简单, 直接 gmx rms 即可得到 rmsd.xvg , 然后就可以进行作图. 在展示RMSD演化图时, 经常还会同时给出其统计直方图, 这样可以更直观地看出RMSD是否已经稳定. 下面记录使用gnuplot作统计直方图的几 ...; 6039 次阅读|没有评论

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