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【整理】使用分子动力学模拟红外光谱: 李继存 2017-8-16 04:01; 2017-08-16 03:54:21 整理王喜军的几篇博客文章, 作为分子动力学模拟红外光谱的基础知识. 如何用分子动力学来模拟液体的红外光谱？化学中经常用红外光谱来分析溶液的组成和变化，因为某些分子基团有红外特征指纹。问题是，溶剂和溶质的峰常常叠在一起，分析起来甚是棘手。所以，我们可以借助于分子动力学模拟来模 ...; 9599 次阅读|没有评论

GROMACS培训: 热度 1 李继存 2017-7-5 09:37; 21世纪的科学已经不再是实验与理论平分秋色, 而是实验, 模拟, 理论三分天下. 模拟是联系理论与实验的纽带, 在解释实验现象, 预测理论结果中起着关键作用. 对于研究分子的学科, 无论你从事哪一领域的研究, 理解并实践分子模拟都能为你开启通往更深洞见的大门, 并潜移默化地改变你的思考方式, 增强你对新问题的分析力与洞察 ...; 19674 次阅读|2 个评论热度 1

GMXTOP：OPLSAA力场的GROMACS拓扑文件生成器: 李继存 2017-6-30 10:54; 2017-06-29 21:46:49 使用GROMACS进行分子动力学模拟时, 获得体系的拓扑文件是关键, 也是难点. 虽然有些辅助工具可以直接获得一些分子的拓扑文件, 但你仍然需要对得到的拓扑文件进行仔细检查, 否则的话, MD过程中出现问题很难排查. tppmktop 是获得有机分子OPLSAA力场拓扑文件的好工具, 但也存在一定的不足. 一是不 ...; 9010 次阅读|没有评论

使用GROMACS计算径向分布函数: 李继存 2017-6-23 11:19; 2017-06-22 21:54:18 使用GROMACS计算径向分布函数和配位数比较简单, 只要了解一下gmx rdf程序的使用即可. 但即便是简单的工作, 有时候也需要我们稍微深入思考一下, 如何才能做得更快更好, 如何才能尽量减少重复运行所需的时间. 只有这样, 我们才能不断突破自己的心理舒适区, 提高自己. 否则的话, 每次都暴虎冯河, 自 ...; 14307 次阅读|没有评论

四种计算自由能方法的原理示例教程: 李继存 2017-5-24 22:09; 原始文档 Calculating Free Energies 2017-05-24 07:18:53 【按】本教程以一个简单实例对计算自由能的四种方法进行了示例. 教程没有过度讲解原理, 而是从实际操作出发, 教你如何手动计算. 知晓了具体的计算操作过程对理解其他自由能计算程序的计算原理和计算结果很有帮助. 故翻译此教程供参考. 在本教程中, 我 ...; 11625 次阅读|没有评论

xvg曲线中心移动平均平滑脚本: 李继存 2017-5-11 08:21; 2017年05月10日 18:25:47 在查看GROMACS分析程序生成的xvg文件时, 有时候曲线不够平滑, 上下波动很厉害. 为美观或其他目的有时候需要对曲线进行平滑. 常见的绘图软件一般都支持曲线平滑, 可选方法也很多. 其中最简单的是移动平均算法(moving average). 但简单的移动平均算法平滑出来的曲线存在滞后性, 对于有峰和谷的 ...; 2952 次阅读|没有评论

随机抽样一致性算法matlab示例代码: 李继存 2017-5-6 10:12; 2017年05月05日 21:05:05 前一篇博文曾提到随机抽样一致性算法, 这里给出一段利用这种方法计算扩散系数的matlab示例代码. 代码中同时测试了matlab的全局优化算法. msd.m 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 ...; 5547 次阅读|没有评论

扩散模式的分类以及扩散系数的计算: 热度 2 李继存 2017-5-3 09:06; 2017年05月02日 19:58:51 看到一篇科技论文的报道纳米粒子反常受限扩散研究获得进展 , 是有关扩散的, 就顺便整理一下与扩散有关的理论知识, 这些知识在利用分子动力学模拟研究扩散现象时可能会用得上. 扩散模式的不同分类使用MD计算粒子的扩散系数时, 一般都是基于粒子进行布朗运动, 遵循简单的扩散模型. 实际上, ...; 23686 次阅读|6 个评论热度 2

GROMACS多糖模拟简单示例: 李继存 2017-4-11 09:49; 2017年04月10日 20:42:32 以前, 使用MD模拟糖分子并不容易，因为针对蛋白质和核酸设计出来的力场用在糖分子上不大合适, 因此需要对常用力场进行修正. 可参考下列文献(文献稍老, 请查阅更新的) CHARMM: Carbohydrate Solution Simulations: Producing A Force Field With Experimentally Consistent Primary Alcoho ...; 10934 次阅读|没有评论

Amber构建糖蛋白的方法: 李继存 2017-4-7 07:37; 2017年04月06日 18:29:59 翻译: 房筱; 校对: 李继存【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6.3 使用LEaP构建糖蛋白本节给出的LEaP命令假定你已经有一个包含糖分子和蛋白质的PDB文件, 并且二者之间的相对构象适当. 即便是为了将最简单的糖与最简单的蛋白质相连接, 也需要你对LEaP命令有透彻的理解, 但这超出了本节的目 ...; 6389 次阅读|没有评论

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