分子中原子编号的匹配

李继存 2018-1-25 20:50

2018-01-25 06:43:45 以前的时候我曾简单介绍过有关分子匹配的问题 分子匹配叠合及两种冰的结构异同 , 也曾示例过如何借助GaussView来实现 分子片段分析 . 但所用的方法总觉得不很方便, 所以就想着自己能不能实现一个类似功能的简单脚本或在线工具. 但正如以前所说, 就一般情况而言, 这并不是一件简单的问题. 不过针 ...

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AMBER基础教程B0：AMBER分子动力学模拟入门

热度 1 李继存 2018-1-17 20:09

原始文档: Benjamin D. Madej Ross Walker, An Introduction to Molecular Dynamics Simulations using AMBER 更新至AMBER 15: Aditi Munshi and Ross Walker 2018-01-16 10:37:52 翻译: 刘仲奇; 校订: 李继存 本教程是专为那些完全没有运行过分子动力学模拟的新用户, 或只有少量模拟经验的用户准备的 ...

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GROMACS计算距离的方法及注意点

李继存 2018-1-15 10:33

2018-01-14 20:27:30 低版本的GROMACS中(具体哪个版本就没有考古了, 猜想是3.x吧), g_distance 计算距离时需要选择两个组, 然后程序会自动计算这两个组的原子两两配对之间的距离, 也可以计算这两个组的质心之间的距离. 可能是从4.x版本起吧, gmx distance 使用的索引组的方法有了变化, 可以提供多个索引组, 每个组 ...

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Amber基础教程B5：模拟绿色荧光蛋白及构建修饰的氨基酸残基

李继存 2018-1-7 21:51

原始文档: Jason Swails, Dave Case, and Taisung Lee, TUTORIAL B5: Simulating the Green Fluorescent Protein and building a modified amino acid residue 2018-01-07 07:43:02 翻译: 康文渊(湖南大学); 修订: 许楠(浙江大学) 在本教程中, 我们将要学习如何使用AMBER程序为一个设计修饰过的氨基酸构建残基模 ...

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Amber教程B4：使用antechamber和GAFF模拟药物分子

热度 1 李继存 2018-1-4 07:35

原始文档: Ross Walker and Sishi Tang, TUTORIAL B4: Simulating a pharmaceutical compound using antechamber and the Generalized Amber Force Field 2018-01-03 15:52:14 翻译: 李睿; 修订: 李继存 antechamber是AMBER自带的一组工具, 可用于准备有机分子的 prep 输入文件, LEaP可以读取这种输入文件并 ...

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Windows下AmberTools17的编译

李继存 2017-12-28 13:33

2017-12-28 13:21:00 根据amber手册及安装脚本的说明, 在windows下可以使用两种方法来编译amber, 一种基于cygwin, 一种基于msys2. 我测试了这两种方法: 最新版msys2-mingw64, 配置通过, 安装时gcc库函数出错, 无法解决, 放弃 最新版cycgwin-x64, 从配置开始就一堆错误, 试着解决了多数, 但最终仍失败, 放弃 ...

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点集的几种几何外形参数

李继存 2017-12-23 07:21

2017-12-22 12:47:04 问题 : 给定空间点集, 计算与其外形相关的几何参数: 最小(体积)包围盒 最小(体积)包围球 最小(体积)包围椭球 最小(体积)包围圆柱 最小半径包围圆柱 可以再推广一下, 给定空间球(或椭球, 其他空间体), 求其上述参数. 再者, 这些参数之间的关系如何? 这是计算几何中的经典问 ...

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Blender分子渲染习作

李继存 2017-12-21 22:39

2017-12-21 22:22:26 分子可视化软件千千万, GaussView, VMD, PyMOL, Chimrea等各有各的特点, 也各有各的用户群. 萝卜青菜, 各有所爱, 也没有必要非争个一二三四, 你强我弱. 但这些软件渲染的图片看多了也不免审美疲劳, 难觉再爱, 所以就有人专门用那些小众的渲染程序, 特别是那些原本不是为生物和化学分子准备的程序 ...

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计算蛋白自由能形貌图的简单示例

热度 1 李继存 2017-12-14 07:50

2017-12-14 07:45:45 在以前整理的 GROMACS分子动力学模拟教程: 多肽-蛋白相互作用 中, 提到了一种使用 gmx sham 计算自由能形貌图的简单方法. 这种方法适用于计算那种和两个变量相关的自由能形貌图, 并且容易作图. 有些文章中给出的就是这种图, 比如很多蛋白的自由能形貌图中给出了自由能与回旋半径以及RMSD的关系, ...

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