gnuplot伪三维瀑布图

李继存 2018-4-3 11:45

2018-04-02 22:42:26 以前看到过一篇 gnuplot伪三维瀑布图的实现方法 , 觉得效果很好, 但也没有去试试. 最近有这方面的需求, 就试了试. 试过才知道, 原文章给出的代码对新版本的gnuplot不适用. 多方查证, 找到了几种替代的实现方法, 记在这里吧. 填充图 曲线颜色 直方图 参考 Varying fil ...

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AMBER高级教程A24 使用FEW(Free Energy Workflow)工具计算自由能

李继存 2018-3-27 11:06

Nadine Homeyer and Holger Gohlke, 原始文档 2018-03-26 21:44:05 翻译: 周盛福 请注意 : 此处介绍的FEW工具可以在AmberTools 14或更高版本中获取, 并可与AmberTools和AMBER 14或更高版本一起使用. AmberTools和AMBER 14可以按照 AMBER手册 中的安装指导进行安装. 在安装过程中会自动修复BUG并获 ...

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AMBER高级教程A1：建小分子与DNA体系(包括基本电荷计算)

李继存 2018-3-21 10:31

Bryan Leland, David Paul, Brent Krueger, Ross Walker( amber_tutorial_query@rosswalker.co.uk ) 原始文档 2018-03-20 21:13:36 翻译: 陈亚玉(福州大学) 注意 : 这些教程是为了提供如何使用AMBER软件套件来进行模拟的说明性例子, 这些模拟可以在合理的时间内在简单的工作站上运行, 但对特定的 ...

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canvas二维光照效果

李继存 2018-3-16 21:08

2018-03-16 08:06:04 2d canvas虽然效率不高, 但使用起来比webgl简单很多, 所以比较方便. 但在这种绘图模式下没有简单的方法来模拟光照效果, 目前的解决方法有三种: 使用自带的径向梯度效果来模拟, 可以采用多个梯度, 如果你提前已经知道了每个梯度的数值大小, 使用多个梯度可以很好的模拟光照效果 使 ...

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AMBER CPPTRAJ教程C1：RMSD分析

李继存 2018-3-16 11:25

Daniel R. Roe daniel.r.roe@gmail.com , July 2014 原始文档 2018-03-15 21:47:26 翻译: 席昆(武汉大学) 注意 : 本教程使用的是AmberTools14的CPPTRAJ 1. 简介 本教程描述的主要是MD模拟后最常用分析中的一种: 即坐标均方根偏差(RMSD). 此外还会标明在CPPTRAJ分析中读入的拓扑及参照文件. RMS ...

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GROMACS的耗散粒子动力学DPD模拟

李继存 2018-2-26 13:03

2018-02-25 22:57:43 当前最新版本的GROMACS(2018)不支持DPD模拟, 如果非要寻求基于GROMACS的解决方案, 大致有两种: 使用 dpdmacs . 它其实是一个独立的程序, 但使用的输入文件格式与GROMACS一致, 输出轨迹格式也一致, 有GROMACS基础的话非常容易上手使用. 但支持的相互作用的函数形式只有简谐势, 如果有其他函数 ...

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AMBER高级教程A16：Amber脂分子教程：Lipid14力场版本

李继存 2018-2-7 09:38

原始文档: Benjamin D. Madej, Ross C. Walker, Updated May 27, 2014, An Amber Lipid Force Field Tutorial: Lipid14 Edition 2018-02-06 15:18:22 翻译: 杨瑾阁; 校对: 吴萌 简介 脂类分子是磷脂双分子膜的重要组成部分, 在细胞信号和生理学过程中发挥着重要的作用. 如今Amber这类凝聚态分子动力学模拟软 ...

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AMBER高级教程A1：模拟含有非标准残基的溶剂化蛋白(简单版本)

李继存 2018-1-31 21:15

原始文档: Ross Walker, TUTORIAL A1: Simulating a Solvated Protein that Contains Non-Standard Residues(Simple Version) 参考: 原生態, Amber学习第五天: 模拟含有非标准残基的溶剂化蛋白 2018-01-31 06:31:20 翻译: 许楠(浙江大学); 校对: 康文渊(湖南大学) 介绍 前面我们研究的系统只含有标准的 ...

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AMBER高级教程A3：MM-PBSA

李继存 2018-1-28 21:03

原始文档: AMBER ADVANCED TUTORIAL 3: MM-PBSA Perl Version By Ross Walker Thomas Steinbrecher Python Version By Dwight McGee, Bill Miller III, Jason Swails 2018-01-28 06:39:37 翻译: 袁媛; 修订: 李继存 本教程使用 mm_pbsa 脚本计算RAS-RAF蛋白复合物的结合能, 并对计算中的每一步 ...

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