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GROMACS QM/MM教程3：使用DFTB3进行QM/MM模拟: 李继存 2017-2-14 03:12; 原始文档 GROMACS with QM/MM using DFTB3 2017年02月12日 20:52:46 翻译: 陈国俊; 校对: 李继存分子动力学模拟软件GROMACS包含了QM/MM模块, 其中的量子化学计算需要通过外部程序来进行. GROMACS目前提供的量子化学接口包括: Gamess UK, Gaussian, Mopac和Orca. 详情请参阅 GROMACS官方说明 . DFTB是基于密度 ...; 7016 次阅读|没有评论

自动调整VMD窗口的位置和大小: 李继存 2017-2-12 11:05; 2017年02月11日 20:31:54 我不喜欢VMD的一点是其窗口过多(尽管也只有三个), 且窗口位置和大小需要自己调整, 使用很不方便. PyMOL在这点上做得稍好一点, 但也不足够好. VMD至少也要向PyMOL学习一下, 达到它的水平. 现实既然如此, 那就只能自己解决了. 利用AutoHotKey, 我们可以很容易地控制窗口的位置和大小. 所以我 ...; 7132 次阅读|没有评论

GROMACS QM/MM教程2：编译设置及简单运行: 李继存 2017-2-2 21:16; 2017年02月02日 21:00:10 上一篇博文 GROMACS QM/MM教程1: QM/MM方法的实现中, 整理了GROMACS QM/MM方法的基本实现原理, 略显理论化, 本教程中具体讲解如何操作. 以下说明基于Windows下的GROMACS 5.1.4版本. 编译设置编译GROMACS时, 要打开QM/MM功能选项. 一般是使用高斯--with-qmmm-gaussian, 因为后面一般是使用 ...; 7784 次阅读|没有评论

GROMACS QM/MM教程1：QM/MM方法的实现: 李继存 2017-1-30 20:10; 原始文档: QM/MM implementation in Gromacs GROMACS How-tos: QMMM GROMACS Installation Instructions 4.5: compiling QMMM 2017年01月30日 19:54:21 翻译: 洪巢升; 校对: 李继存【李继存注】此文档年代久远, 且与现行GROMACS版本有所脱节, 但其中所述原理仍有参考价值, 故在此整理, 以为 ...; 16430 次阅读|没有评论

我使用的VMD初始化脚本: 热度 1 李继存 2017-1-11 22:51; 2017-01-11 22:28:27 我一直不喜欢用VMD, 除了其界面复杂, 鼠标操作模式老旧以外, 初始的显示模式也很简陋. 话虽这样说, 但有时还不得不用, 因为目前看来使用VMD查看轨迹还是最高效的. 毕竟, 人家名字就是 VVVVVVVV MD. 其实, 我们可以自定义VMD的初始显示模式, 让它变得友好一些. 这些设置可以放在和vmd.exe相同的 ...; 12070 次阅读|3 个评论热度 1

GROMACS分析教程：氢键分析: 李继存 2017-1-9 17:02; 2017-01-09 16:56:34 卢天给过一个VMD的tcl脚本, 用于计算不同z位置水能形成的平均氢键数 . 但轨迹大了以后, VMD的tcl脚本分析起来有点吃力, 且得到的结果与 GROMACS的默认氢键标准存在差距. 这里我以此为例, 展示下如何组合GROMACS自带的工具进行复杂一点的分析, 并且利用gmx trjconv的外挂脚本功能让分析自动化. ...; 20430 次阅读|没有评论

GROMACS和VMD中的氢键判定标准: 李继存 2016-12-31 17:45; 2016-12-31 17:14:51 感谢吴思晋提供材料氢键在分子动力学模拟结果的分析中占有重要地位, 因而大多数程序都带有氢键分析功能. 但需要注意的是, 不同程序中的氢键判定标准未必一致. 实际上, 氢键的判定有多种标准, 如能量准则, 电子结构准则, 几何准则等. 前两种准则计算量大, 不易实现, 因此大多数分析程序使用的 ...; 19125 次阅读|没有评论

Martini实例教程：聚合物: 李继存 2016-12-30 12:55; 发布: 2016-12-30 12:23:53 翻译: 王俊峰; 校对: 李继存一般考虑聚合物的参数化与其他分子参数化的标准过程基本一致, 但是仍有一些因素需要考虑. 有时, 你想要自己的聚合物模型能再现某些来自实验或全原子模拟的特定性质, 例如, 回转半径或是螺旋倾向. 与简单分子的参数化相比, 这些性质更加依赖于键/非键相互作 ...; 7954 次阅读|没有评论

GROMACS术语：爆破(Blowing_Up): 李继存 2016-12-28 23:01; 原文 Blowing Up 2016-12-22 15:16:04; 翻译: 刘恒江; 校对: 李继存【刘恒江按】我们使用GROMACS进行分子动力学模拟时常常会遇到LINCS warning这样的警告, 过多的警告会导致体系崩溃, 程序运行异常. 出现LINCS warning往往意味着体系初始构型不够合理, 在模拟过程中出现了异常键. 对于这种情况的应对方法, GRO ...; 7077 次阅读|没有评论

单位换算器: 热度 1 李继存 2016-11-8 09:40; 2016-11-07 14:50:35 以前曾用VB写过一个计算器和单位换算器, 使用还算方便, 但并没有发布, 现在将其改写为网页版, 方便发布和使用. 网址如下: http://jerkwin.github.io/Prog/calc.html 几点说明: 所有换算系数的值都直接采用NIST最新发布的CODATA-2014, 如果NIST更新了数值, 只要替换源代码中的相应部分即可. ...; 4175 次阅读|2 个评论热度 1

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