博文
- 空间分布函数SDF的计算及三维图示
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- 空间分布函数SDF的计算及三维图示 2014–05–13 17:52:00 硕士生李耀对此文有所贡献 基本概念 分子动力学模拟中常以径向分布函数(radical distribution function, RDF)来描述粒子周围环境的分布特性, 并表征其短程有序性. 分布函数的概念可推广到三维$,$ 三维空间的分布函数被称为空间分布函数(spatial distributi ...
- 石墨烯: 建模, 几何性质及力场模拟
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- 石墨烯: 建模, 几何性质及力场模拟 2014–05–9 17:45:40 无论是做何种类型的计算研究, 首要的工作就是建模. 对分子动力学模拟MD而言, 还要加上体系的力场化, 明确指出体系中的各种相互作用. 石墨烯的MD也不例外$.$ 建模 只要熟悉晶体方面的知识, 石墨烯的建模不算复杂, 一种简单的方法可参考 建立石墨烯（Graph ...
- 常见冰的晶体结构及其cif文件
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- 2013-12-01 18:09:38 前面的博文中我曾提及冰的晶体结构, 但没有重点说明, 此博文中我将稍详细地介绍冰的晶体结构并给出我所查到的cif文件, 以备建模使用. 水及冰的结构化学远比想象的复杂, 水的相图或许是被人们研究最多的一种, 这从冰众多的名目约略可以知道, Ih, Ic, II, III, IV, V, …IX. 想要初步了解, 可参考周公度 ...
