如何在线粒体基因组中搜索tRNA

熊荣川

六盘水师范学院

xiongrongchuan@126.com

线粒体基因组数据分析的一个重要组成部分就是在数据中搜索转运RNA（tRNA）,常常使用的工具软件是tRNAscan-SE，由于该软件官网上只有Unix系统的源代码，所以无法方便的下载程序进行本地运算搜索，所以通常需要到官网上使用作者提供的服务器进行，网址如下

http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

下面我们就以该服务器的使用来说明怎样进行线粒体基因组中tRNA的搜索。我们以最近发表的线粒体基因组HQ324232为例。

在genbank中使用索取号HQ324232搜索并下载到该物种Nanorana pleskei的线粒体基因组

保存为文件Nanorana pleskei.fasta

附：如果搜索结果较少，或者没有搜索结果，重新使用搜索模型（Search Model）“Cove only”

为了图文并貌，请下载pdf观看