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热搜: 科学 论文
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水牛普里昂分子动力学最新研究进展
张家普 2021-3-18 11:35
(http://english.kiz.cas.cn/gre/greevents/ResearchProgress/201211/t20121101_94445.html) 普里昂疾病也俗称”疯牛病”, 它在牛,绵羊,鹿,貂, 和人类中高度传染。人类的CJD, GSS, FFI, Kuru疾病就属于普里昂疾病。 但是,少数诸如兔子,狗,马,猪,鸡, 乌龟,青蛙,水牛之类的物种对普里昂疾病有很 ...
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新冠病毒 之 木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro)单体及二聚体
张家普 2020-7-22 20:21
抗冠状病毒药物有三类靶点 : -- 非结构型蛋白:木瓜蛋白酶(PLpro, Nsp3)、3c样蛋白酶(3CLpro, Nsp5)、RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp, Nsp12)、RNA解旋酶( Nsp13)、C端鸟嘌呤-N7甲基转移酶 (Nsp14)、鸟苷酸内切酶(Nsp15)、N端核糖核酸内切酶、。。。 -- 结构性蛋白:Spike(S)糖蛋白、包膜(E)蛋白、膜(M)蛋白、核帽(N)蛋白 ...
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新冠病毒刺突(Spike)Lys417 卡上 人体受体血管紧张素转化酶2(ACE2)Asp30: D614G影响不?
张家普 2020-7-14 09:33
博主上周经过精心计算,认为新冠病毒刺突(Spike)Lys417 卡上 人体受体血管紧张素转化酶2(ACE2)Asp30应该不受D614 G 变异影响 , 因为 G ly614离Lys417跨度大 - 间隔达197个氨基酸(197= 614 - 417),并且从三维空间结构上离得很远 - 距离达6.2纳米(62 ): (6vxx-model ) (6vyb-model ...
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新冠病毒刺突(Spike)Lys417 卡上 人体受体血管紧张素转化酶2(ACE2)Asp30: 不苟同于非典肺炎等
张家普 2020-7-4 17:15
新冠病毒刺突(Spike)Lys417 卡上 人体受体血管紧张素转化酶2(ACE2)Asp30,这是新冠病毒特有的特性,还是所有的冠状病毒(例如,非典肺炎SARS病毒, 中东呼吸综合症MERS病毒)也普遍拥有? 卡上 “卡不严” 博主本周进行了调查 ,发现为新冠病毒 ...
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简谈 新冠病毒Spike与人体ACE2: 久经考验的Lys417-Asp30
张家普 2020-6-26 17:35
( https://www.linkresearcher.com/theses/40fb3a85-00b7-406a-8d04-d1681ee0cbdd ) 据各路媒体报导,新冠病毒要感染人体,从细胞层面通俗地讲就是刺突蛋白(Spike)先勾住了“门把手”人体细胞表面的ACE2(受体血管紧张素转化酶2)蛋白分子,这种“勾”依赖的是化学里的“氢键”、盐桥(比氢键强度大)、还有疏水相互 ...
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浅谈 新冠病毒之刺突(SARS-CoV-2 S)
张家普 2020-6-24 20:23
( https://biopic.pku.edu.cn/zxdt/502171.htm ) 据报导,如果把人类的细胞比作是一座防御坚固的城池,那么Spike蛋白(S蛋白)就是新型冠状病毒(COVID-19)入侵这座城池的“攻城锤”。S蛋白是新冠病毒SARS-CoV-2附着并感染人类细胞的关键性靶标,是病毒入侵人类细胞的 特洛伊木马 。在病毒入侵人体时,它首先结合细胞 ...
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再谈新冠病毒Mpro, nsp15:从分子动力学MD谈起
张家普 2020-6-2 16:37
6LU7-dimer 6Y84-dimer 真正了解一个蛋白质的稳定性及其功能机制, 我们不但考虑其静态的X-射线,NMR核磁共振,cryo-EM低温电镜分子结构,其内部的(分子动力学MD/量子力学QM/MM)原子/电子运动的动态表现也很重要,博主花了一周时间,再谈新冠病毒主蛋白酶,一些论文认为新冠病毒主蛋白酶喜欢二聚体的形式, ...
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也谈新冠病毒Mpro, RdRp: 从数学最优化谈起
张家普 2020-5-19 16:50
“新冠肺炎发生以来,全球科学家致力于寻找潜在的药物,Mpro(水解酶)和Rdrp(RNA依赖RNA聚合酶)被认为是新冠病毒的两大重要靶点。” -- (中国医药创新促进会) 目前,许多人正在运用数学最优化去识别潜在的抑制剂,药物筛选,药物开发,药物设计,疫苗开发,疫苗设计,分子结构的提炼与精化,分子动力学 ...
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[转载] "模拟退火 Simulated annealing"
张家普 2020-4-25 12:31
( https://link.springer.com/article/10.1007/s00894-010-0691-y ) 模拟退火算法来源于固体退火原理,是一种基于概率的算法,将固体加温至充分高,再让其徐徐冷却,加温时,固体内部粒子随温升变为无序状,内能增大,而徐徐冷却时粒子渐趋有序,在每个温度都达到平衡态,最后在常温时达到基态,内能减为最小 ...
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[转载] 经典的 Minkowski 问题
张家普 2020-3-2 10:57
闵可夫斯基曾经是爱因斯坦的老师。闵可夫斯基曾称爱因斯坦为“懒惰的狗”。1907年,闵可夫斯基认识到可以用非欧空间来描述洛伦兹和爱因斯坦的工作,将过去被认为是独立的时间和空间结合到一个四维的时空结构中,即闵可夫斯基时空。闵可夫斯基时空为广义相对论的建立提供了框架。 在微分几何中 ,以 Hermann Minkowski ...
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