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利用MySQL库分析关于水稻基因的研究(五)

已有 2487 次阅读 2014-10-5 23:19 |个人分类:linux|系统分类:科研笔记

    我想让这个数据库帮我回答一个问题?到底有多少水稻基因克隆了。这里克隆的含义是:序列已知功能已知。所以我用下面的SQL语句进行搜索:

SELECT Journal, Oryzabase_ref_id, Title, COUNT( DISTINCT trait_gene_id )  FROM reflist_14922, genelist_14922 WHERE Oryzabase_ID = trait_gene_id AND LEFT( RAP_id, 2 ) = "Os"
GROUP BY Journal, Oryzabase_ref_id, Title ORDER BY COUNT( DISTINCT trait_gene_id ) 

   这个语句可以给出所有和RAP_id相关的文献(只有克隆了的基因才会有对应的RAP_id),这样共搜到3647篇文章。大多情况,进行基因克隆报道的文章,一篇文章能把一个基因的功能弄清楚可能也就差不多了。根据这个原理来估计,已经克隆的基因的数量不会超过3647.如果真要个准数,那至少得把这3647篇文章的标题都看一遍。好像这个也并不是个非常难完成的事。

   从某种角度来说,知道这个数量并不是很重要的事,重要的事是能把自己感兴趣的基因和文献搜索出来,方便学习和交流。下篇博文也许我会写下这个。





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