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拜托,AI还没有在RNA结构预测上获得重大进展!
热度 4 2021-8-28 09:12
昨天,几个科普公众号轰炸了朋友圈,下面是几个例子: “Science封面重磅:新型AI算法准确预测RNA三维结构 ” — 学术头条; “继AlphaFold之后又一结构预测里程碑,斯坦福团队AI算法精准预测RNA三维结构,论文为Science当期封面|专访”—DeepTech;“AI预测RNA结构登上Science封面,论文一作已成立药物 ...
个人分类: 科技推广|9044 次阅读|6 个评论 热度 4
七夕到,鹊桥今何在?
2021-8-15 10:43
昨天是七夕,中国的情人节,却没有感觉到情人节的味道。在国外,情人节会有铺天盖地的广告,商店一般提前几个星期就张灯结彩,就怕这个节日被人遗忘了。我昨天在深圳出去买菜,商店却看不见什么七夕的痕迹。不过这样也好,因为我并不想被提醒,毕竟我现在就像当年的牛郎,只能与我在澳大利亚的织女遥遥相望,鹊桥今何在? ...
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AlphaFold2是怎样实现蛋白质结构预测的1+2等于3的?
2021-7-17 15:48
导读:2009年,我在马剑鹏 教授 所组织的 Telluride Workshop 作了关于《什么样的1和2会得到3:蛋白质的三维结构?》( What are the ‘1’ and the ‘2’ that would lead to the ’3’ - the three-dimensionalstructures of proteins ) 的报告。现在, 这个1+2=3的问题终于被 AlphaFold2用 端 ...
个人分类: 科技推广|10890 次阅读|没有评论
上哈佛、麻省理工的两个女儿是如何成长的?
热度 13 2021-7-14 18:13
导读:今年三月份,在澳大利亚昆士兰州高中毕业的小女儿得到了麻省理工学院的录取通知,这是对她多年努力的一个肯定。小女儿在高中阶段的压力不小,因为大女儿四年前从同一所高中考入哈佛大学,不可避免的是大家会拿她跟姐姐相比。能够抗住这个压力,走出一条自己的路真不容易。录取消息传出来后,同学、朋友们都想知道她 ...
个人分类: 家庭教育|26884 次阅读|16 个评论 热度 13
SPOT-RNA-1D: RNA主链二面角的预测
2021-5-29 20:27
导读: 许多疾病(包括癌症)跟非编码 RNA 相关,但是我们对它们的了解甚少,因为用于理解它们功能机制的结构很难被 X射线晶体衍射、核磁共振和冷冻电镜等物理方法所解析。没有机制的理解,就没有彻底解决疾病的手段,所以通过计算来预测RNA结构,大幅度提高其精度势在必行。长期以来,RNA结构的预测集中在二级结构 ...
个人分类: 科技推广|5728 次阅读|没有评论
BRiQ-RNA: 一个对RNA近天然态结构的高精度优化修正的方法
2021-5-19 09:43
导读 :蛋白质和RNA结构的实验解析远远满足不了需求,计算预测成为必须。蛋白质结构预测难,RNA结构预测更难,而对预测的结构模型进行的高精度修正更是难上加难。以熊鹏博士为第一作者,詹剑博士和 我 为通讯作者,与中山大学的巫瑞波教授合作一起发展的BRiQ-RNA方法可以对接近天然态结构的初始RNA结构模型有效 ...
个人分类: 科技推广|5362 次阅读|没有评论
实验室的厕所:可以不蹲吗?
热度 11 2021-4-24 11:26
导读:国内上厕所有时会觉得罄竹难书。俗话说,悲粪之下出诗人,我呢,方便之余写 写 博客吧! 如果有人来参观实验室,一般是领着去看看高大上的仪器设备,绝对不会特意安排去参观厕所的,但在现实生活中,虽 然不安排也是会自发去的,谁能抵挡得住生理上的需要呢? 往年,我回国访问,上厕所是我的 ...
个人分类: 心得体会|8390 次阅读|16 个评论 热度 11
哈罗,深圳!
热度 1 2021-4-10 22:07
共享单车作为一个互联网的新生事物,是我一直很想尝试的,想骑就骑,想停就停,不正是实现骑车自由的终极梦想?住在澳大利亚的黄金海岸市时,曾经在旅游区发现过几辆摩拜单车,有点跃跃欲试,但每次以汽车代步,没有找到机会。近年来新闻里看到的是共享单车公司倒闭的倒闭、兼并的兼并、收购的收购,连摩拜也变成了美团! ...
个人分类: 家庭教育|5065 次阅读|1 个评论 热度 1
百度的螺旋桨RNA结构预测竞赛,预测的不是RNA结构
2020-12-25 11:23
今天在朋友圈无意发现百度正在组织螺旋桨RNA结构预测竞赛的新闻,而且12月20日就开始注册了,并且把我们最近的一个工作(Nature Communications 10, 5407 (2019))作为学习材料,算是小惊喜。 在 deepmind公司的AlphaFold于 2018年 蛋白质结构预测一炮打响的推动下,国内外多个科技大公司如百度、阿里、腾讯、华为、微软 ...
个人分类: 科技推广|5906 次阅读|没有评论
平地惊雷:AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题?
热度 3 2020-12-2 21:44
平地一声惊雷,Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛(CASP14)中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测,把学术界的预测远远甩在后面,不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构 甚至帮助 结构生物学家发现他们的错误,而另外一些结构,预测 ...
个人分类: 科技推广|14834 次阅读|4 个评论 热度 3

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