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拜托，AI还没有在RNA结构预测上获得重大进展！: 热度 4 周耀旗 2021-8-28 09:12; 昨天，几个科普公众号轰炸了朋友圈，下面是几个例子： “Science封面重磅：新型AI算法准确预测RNA三维结构 ” — 学术头条； “继AlphaFold之后又一结构预测里程碑，斯坦福团队AI算法精准预测RNA三维结构，论文为Science当期封面|专访”—DeepTech；“AI预测RNA结构登上Science封面，论文一作已成立药物 ...; 个人分类: 科技推广|5627 次阅读|6 个评论热度 4

AlphaFold2是怎样实现蛋白质结构预测的1+2等于3的？: 周耀旗 2021-7-17 15:48; 导读：2009年，我在马剑鹏教授所组织的 Telluride Workshop 作了关于《什么样的1和2会得到3：蛋白质的三维结构？》（ What are the ‘1’ and the ‘2’ that would lead to the ’3’ - the three-dimensionalstructures of proteins ）的报告。现在，这个1+2=3的问题终于被 AlphaFold2用端 ...; 个人分类: 科技推广|7007 次阅读|没有评论

SPOT-RNA-1D: RNA主链二面角的预测: 周耀旗 2021-5-29 20:27; 导读：许多疾病（包括癌症）跟非编码 RNA 相关，但是我们对它们的了解甚少，因为用于理解它们功能机制的结构很难被 X射线晶体衍射、核磁共振和冷冻电镜等物理方法所解析。没有机制的理解，就没有彻底解决疾病的手段，所以通过计算来预测RNA结构，大幅度提高其精度势在必行。长期以来，RNA结构的预测集中在二级结构 ...; 个人分类: 科技推广|2815 次阅读|没有评论

BRiQ-RNA: 一个对RNA近天然态结构的高精度优化修正的方法: 周耀旗 2021-5-19 09:43; 导读：蛋白质和RNA结构的实验解析远远满足不了需求，计算预测成为必须。蛋白质结构预测难，RNA结构预测更难，而对预测的结构模型进行的高精度修正更是难上加难。以熊鹏博士为第一作者，詹剑博士和我为通讯作者，与中山大学的巫瑞波教授合作一起发展的BRiQ-RNA方法可以对接近天然态结构的初始RNA结构模型有效 ...; 个人分类: 科技推广|2833 次阅读|没有评论

百度的螺旋桨RNA结构预测竞赛，预测的不是RNA结构: 周耀旗 2020-12-25 11:23; 今天在朋友圈无意发现百度正在组织螺旋桨RNA结构预测竞赛的新闻，而且12月20日就开始注册了，并且把我们最近的一个工作（Nature Communications 10, 5407 (2019)）作为学习材料，算是小惊喜。在 deepmind公司的AlphaFold于 2018年蛋白质结构预测一炮打响的推动下，国内外多个科技大公司如百度、阿里、腾讯、华为、微软 ...; 个人分类: 科技推广|4175 次阅读|没有评论

平地惊雷：AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题？: 热度 3 周耀旗 2020-12-2 21:44; 平地一声惊雷，Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛（CASP14）中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测，把学术界的预测远远甩在后面，不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构甚至帮助结构生物学家发现他们的错误，而另外一些结构，预测 ...; 个人分类: 科技推广|11545 次阅读|4 个评论热度 3

产业是怎么颠覆的？读埃隆·马斯克传有感: 热度 2 周耀旗 2020-10-15 10:19; 2011年10月苹果公司的乔布斯英年早逝，我专门写了一个博文《一代天骄，乔布斯汗》，感叹他会不会成为千代绝响。没想到那时候就已经有了一个身兼三职（SPACE-X, Tesla,和SolarCity）、毁誉参半、饱受争议的人叫埃隆·马斯克。在最近几年，他领导下的SPACE-X和Tesla克服了重重困难而凤凰涅槃，可以说至少颠 ...; 个人分类: 科技推广|8742 次阅读|6 个评论热度 2

从深度诱变的测序来推测RNA/蛋白质的三维结构: 热度 2 周耀旗 2019-12-25 08:57; 序列决定结构，结构决定功能，这是 RNA 和蛋白质这样的生物大分子的基本法则。这也是为什么 Nature / Science 杂志热衷于发表这些生物分子机器的精细结构的原因，因为只有知道了结构才能知道功能背后的原理。如果这些机器坏了，有了结构才能想方设法去修理，去改变。目前原子水平的高精度结构的解析主要靠 X ...; 个人分类: 科技推广|6167 次阅读|2 个评论热度 2

打破RNA二级结构预测精度的天花板: 周耀旗 2019-11-28 13:37; 在生命体系里，RNA长期以来被认为是蛋白质的小弟，因为除了转运RNA（tRNA），核糖体RNA（rRNA），把信使RNA(mRNA)按照DNA指定合成特定的蛋白质之外，以后就没有RNA的什么事了。只有各种蛋白质，才是忙上忙下，包揽一切的万能手。但是，近年来越来越多的实验表明RNA似乎无处不在、无所不能，有用于RNA修饰的（例如snRNA， ...; 个人分类: 科技推广|8308 次阅读|没有评论

世界前10万科学家排名出来了，里面都有谁？: 热度 17 周耀旗 2019-9-8 21:15; 我们见识过了各种各样的大学排名，比较出名的有美国的News World Report，英国的泰晤士报THE/QS，还有上海交大的ARWU。不同因子的权重不一样，导致大学排名在不同的排名榜里不太一致。显然各个大学的办学理念不一样，大学内的各学科发展水平也不一样，用一个分数来代表，自然是简单粗暴，但对于广大学生和家长来说， ...; 个人分类: 科技推广|26764 次阅读|24 个评论热度 17

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