SPOT-1D 安装II

(0)  需要准备的软件：

到此网站下载 ：  https://sparks-lab.org/downloads/

SPOT1D；  SPOT-Contact ； SPIDER3_local  

##Spider3 有两个版本 SPIDER3_local 和  SPIDER3-Single(numpy) ，应该使用SPIDER3_local 版本。 ##single版本精度稍差。

(1) 首先安装  清华 源

Anaconda 添加清华源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

(2) conda create -n  spt1d python=2.7 

在这里需要制定python=2.7.

    跟作者联系，作者建议以下版本都可以：

    tensorflow 1.4 + python 3.5.4

    tensorflow-gpu 1.13.1 +python3.7.3

    tensorflow 1.10 + python 3.5.4

本文使用了  tensorflow 1.4 +python 2.7  因为程序里面有很多 print 不加括号。还是使用python2.7较好。

(3) conda activate spt1d   激活创建的环境

conda install tensorflow=1.4

conda install tqdm pandas scipy    # 安装必要的软件包。现在不装也可以。到后面缺什么补什么。

conda install tensorflow-gpu         # 如果需要安装后 GPU 版本就输入；否则，不用输入；

(4)  安装CCMPRED

到github地址下载。

https://github.com/soedinglab/CCMpred

输入  cmake .

输入  make

编译。 在 /bin/ 目录下得到 二进制文件   ccmpred  

将ccmpred放在系统可找到的路径下。 #如在  ~/.bashrc  写下：  export PATH=/YourPath/ccmpred: $PATH

先到SPOT-Contact-Helical-New/sources/DCA/   

输入 make    #更新main函数。

SPOT-Contact-Helical-New/scripts/spotcontacthelical.py

设置psiblast hhblits spider3, spot1d 等路径。

程序默认是 计算inputs下所有  *.fasta  如果不想这样吧 run_spot1d.sh 中find 行注释。