科学网—yufree的博文

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热度 5 2022-9-6 11:50

《现代科研指北》终于正式出版了，这是一本写给想做科研、正在做科研或假装正在做科研的朋友们的书。虽然人口在不远的将来可能面临负增长，但研究生群体还在高速增长，研究生所需的科研技能训练，当前高等教育还没有广泛覆盖到，很多科研趋势也难以及时反映到教材里。这本书是我对当前科研现状及研究方法的经验总结，希 ...

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理解基因组数据分析之数据读取与数据结构篇

于淼 2015-8-28 09:43

这一系列的文章源于edx上PH525这一系列 (https://www.edx.org/course/statistics-r-life-sciences-harvardx-ph525-1x)，从实用角度出发分为四部分： - 原始数据读取与数据结构 - 高维数据的分组差异比较 - 基因组数据建模与可视化 - 结果注释与通路分析其实就是按工作流程走的，首先设计实验，跑芯片，然后拿到机器 ...

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不吃早餐会肥胖？

热度 1 于淼 2015-8-13 21:33

起放假回家面临的最大难题在于如何起床？其实问题也不是起床，而是不管起的有多晚都得听话吃早饭。最夸张的一次十点爬起来吃早饭，十二点又吃了午饭。为了有理有据的反驳必须吃早饭的观点，我决定查下资料。下面这个过程应该在你的电脑上也能完成。承有一种说法叫“早吃好，午吃饱，晚吃少”；对于老年人则应该少食多餐 ...

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如何用图来折磨读者

热度 7 于淼 2015-2-14 21:09

威斯康星大学的 Karl Broman 教授除了喜欢晒照片让别人用各种模型计算自己洗衣机里的袜子到底有多少双以外还有个小爱好：告诉大家如何画一张可以让读者如坠云雾的图。我在实验室是坚(zhuang)决(bi)不用excel，sigmaplot，origin等交互式软件出图的，但一直没有说原因，下面结合Broman教授的网页聊下在科研制图中折磨 ...

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动态报告与可复算性研究简介

于淼 2014-7-23 14:37

科学研究的一个基本要求就是可重复（Replication），但很现实的一个问题就是不是每个实验都可以被重复。有很多研究是一锤子买卖的，例如测试某种污染物毒性的动物暴露实验，一个实验周期3到6个月，独立研究人员重复三次加上写文章发表的过程要2年，这时候如果另外有独立课题组也想重复这个实验，时间成本与资源成本是很不 ...

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污染物危害评价攻略

于淼 2014-7-4 12:39

只要提及污染物，大家反映基本一致，那就是有害，然后就完了，不论污染物名字是呋喃咪唑联苯醚孔雀石绿二噁英双酚A之类其实对多数人而言没太多区别，都是有害，可能名字长一点会觉得危害大一点。这里就不吐槽污染物那些乱七八糟的命名法了，这篇是写给那些想对具体污染物危害进行评价但又没有太多专业知识的人的一篇攻略 ...

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漫谈统计学习中的 Bias-Variance Trade-Off思想

于淼 2014-2-17 17:36

最近在听一门统计学习的公开课，由 ESL 的两个作者Trevor Hastie与Robert Tibshirani讲授，不过使用的教材是ESL的简化版—— 《An Introduction to Statistical Learning》。虽说是简化版但写作风格明显是面对不同群体的，ISL偏应用，ESL更侧重数学原理解析，更抽象些。但这两本书的核心都是围着统计学习转的，而统计学习 ...

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重温科技论文写作课笔记（下）

于淼 2013-11-21 10:46

上篇主要总结的是三个写作原则与写作中的分段，这一篇将总结论文的时间分配、写作顺序及各部分的写法。其实每个人都有自己的写作习惯，这里推荐的是课上总结的方法，领会内核，随心所用。时间分配其实写论文的时间分配不是一个可以计划的东西，从一开始提出假设，设计实验，执行实验到数据分析，这些工作都不算在写论文 ...

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重温科技论文写作课笔记（上）

热度 3 于淼 2013-11-20 13:19

去年这个时候，我在coursera听了斯坦福的一门科技论文写作的课，导师是Dr. Kristin Sainani，当时感触颇多并记了笔记。时隔一年，我的第一篇文章也已经接受，审稿人表示“Overall the manuscript is well written and easily understood” 。这对于一个上了大学就再也没背过单词的我而言还是很高兴的。近期重温了当时的笔 ...

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简析条形图（bar plot）上的误差线

热度 1 于淼 2013-8-18 18:36

经常会遇到有人问条形图上误差线画什么的问题，有人说标准差（sd），有人说标准误（se），有的直接说置信区间（CI），其实这倒也不是什么大问题，你按什么画就在文章中注明就是了。后来看到JCB上有一篇科普文章，分析的比较到位，就把里面的干货跳出来翻译一下并对其中的难点进行解读，既是总结也是提高，懒得看过程可直 ...

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