Windows 下设置无扩展名文件的默认打开程序

薛堪豪 2015-8-21 16:48

在 Windows 下处理 Linux 文本文件有几个头疼之处。其一是换行符不匹配，但可以通过安装第三方文本编辑软件，例如 Notepad++ 来轻松解决。另一个问题就是 Linux 文件没有扩展名，在 Windows 下双击无法直接打开，而必须从 Windows 提供的列表中选择打开的程序。无扩展名文件不能关联默认打开程序（“总是用这个程序打开” ...

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Cygwin 上编译 Siesta

薛堪豪 2014-9-26 17:03

之前在 Ubuntu 下编译过 Siesta. 参看： Ubuntu 下并行编译 Siesta 。 最近在 Cygwin 环境下尝试编译 Siesta，笔记如下： 我在 Windows 7 64 bit 下安装 Cygwin 以后，都无法顺利编译 MPICH 或者 OpenMPI。解决办法是：安装 Cygwin 的时候就选择安装 OpenMPI，也就是凡搜索到符合 openmpi 字样的都选择安装。其他必须要 ...

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Gromacs 结果分析

热度 1 薛堪豪 2014-9-25 22:49

刚开始学 Gromacs 还不会分析结果。 (1) 从轨迹中提取某一帧 trjconv -f md.xtc -s md.tpr -sep -b 30000 -e 30000 -o x.pdb 这项命令的好处是：可以只提取出某一类分子在 30000 时刻的位形，输出到 x.pdb。在运行该命令的时候系统会让你选择输出哪种分子。 以后不断更新 ...

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Cygwin 上 config.guess 无法工作的解决办法

薛堪豪 2014-9-25 04:39

最近用了一下 Cygwin 发现一些软件不能安装，原因是 ./configure 的时候无法通过 config.guess。 在网上搜索了一下，发现是软件包自带的 config.guess 过老造成的。下载新版本： config.guess http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD config.sub http://gi ...

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Gromacs 4.6.7 编译

薛堪豪 2014-9-15 01:24

1. 安装最新版本的 CMake 到 http://www.cmake.org/ 下载 3.0.2 版本 解压之后 sudo ./bootstrap sudo make sudo make install 2. 利用 Intel MKL 安装 Gromacs 下载 Gromacs 4.6.7 解压之后 mkdir build cd build cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/openmpi/bin/mpicc -DCMAKE_CX ...

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VASP 与 Siesta 晶体结构格式互换

薛堪豪 2014-6-28 00:58

如果手动进行 VASP 与 Siesta 之间的坐标转换，面临两个较麻烦的手续： （1）VASP 的 POSCAR 中，每个原子坐标后面一般没有元素的标识（1,2 ...） （2）Siesta 的 fdf 文件中，各个原子未必是按照元素次序排列的。并且还需要统计各个元素分别有多少个原子。 为了提高效率，我就写两个 Python 小程序以便在 Linux 下进 ...

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