"计算材料学" 与 "量子化学" 的鸿沟

热度 1 薛堪豪 2014-10-28 04:00

一个明显的事实是：现在有两种“计算”，而相应的科研人群也大体上分为两大类。一部分人做固体材料的计算，包括表面和催化在内，主要使用密度泛函理论（DFT）；而另一部分人做 的计算。在这两个群体中，无论是概念还是方法上都有一些差异。我对此很感兴趣，于是斗胆讨论一下，以期抛砖引玉。 首先，要注意到这两类计算存 ...

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Cygwin 上编译 Siesta

薛堪豪 2014-9-26 17:03

之前在 Ubuntu 下编译过 Siesta. 参看： Ubuntu 下并行编译 Siesta 。 最近在 Cygwin 环境下尝试编译 Siesta，笔记如下： 我在 Windows 7 64 bit 下安装 Cygwin 以后，都无法顺利编译 MPICH 或者 OpenMPI。解决办法是：安装 Cygwin 的时候就选择安装 OpenMPI，也就是凡搜索到符合 openmpi 字样的都选择安装。其他必须要 ...

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Gromacs 结果分析

热度 1 薛堪豪 2014-9-25 22:49

刚开始学 Gromacs 还不会分析结果。 (1) 从轨迹中提取某一帧 trjconv -f md.xtc -s md.tpr -sep -b 30000 -e 30000 -o x.pdb 这项命令的好处是：可以只提取出某一类分子在 30000 时刻的位形，输出到 x.pdb。在运行该命令的时候系统会让你选择输出哪种分子。 以后不断更新 ...

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Cygwin 上 config.guess 无法工作的解决办法

薛堪豪 2014-9-25 04:39

最近用了一下 Cygwin 发现一些软件不能安装，原因是 ./configure 的时候无法通过 config.guess。 在网上搜索了一下，发现是软件包自带的 config.guess 过老造成的。下载新版本： config.guess http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD config.sub http://gi ...

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Gromacs 4.6.7 编译

薛堪豪 2014-9-15 01:24

1. 安装最新版本的 CMake 到 http://www.cmake.org/ 下载 3.0.2 版本 解压之后 sudo ./bootstrap sudo make sudo make install 2. 利用 Intel MKL 安装 Gromacs 下载 Gromacs 4.6.7 解压之后 mkdir build cd build cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/openmpi/bin/mpicc -DCMAKE_CX ...

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DL_Poly Classic 编译笔记

薛堪豪 2014-8-28 22:23

到 http://ccpforge.cse.rl.ac.uk/gf/project/dl_poly_classic/frs/ 下载最新的 DL_Poly Classic cp build/MakePAR source/Makefile cd source 编辑 Makefile 注意以下部分 CC = /bin/mpicc FC= /bin/mpif90 gfortran: $(MAKE) FC= /bin/mpif90 LD= ...

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Gromacs 有机溶剂模拟 学习笔记（二）

热度 1 薛堪豪 2014-7-20 23:49

上次混合两种溶剂的方法过于笨拙，所以这次我们改用 packmol 软件来混合。 我们的目的是：用分子动力学方法证明 正 辛醇不溶于水。 packmol 在 Linux 下的安装比较简单，不再赘述。 首先下载正辛醇的拓扑文件： wget http://virtualchemistry.org/molecules/67-68-5/OPLS/oplsaaff.itp wge ...

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