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- 空间群实战分析（三）
- 空间群实战分析（一）：从 1 号到 7 号空间群 空间群实战分析（二）：从 8 号到 34 号空间群 31. 第 35 号空间群 Cmm 2 正交晶系，且第一个字母 C，标记了底心正交结构。全部对称操作为： 除了 m，m，2 三个对称操作以外，尚有向与 c 轴垂直的底面面心位置平移的对称操作。 ...
- 空间群实战分析（二）
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- 在上一期 空间群实战分析（一） 中，我们详细分析了前 7 个空间群的对称操作。在本期中我们将继续拓展到正交晶系。 8. 第 8 号空间群 Cm 单斜晶系，全称为 C 1 m 1 。意思是底心单斜且存在与 b 轴方向垂直的镜像反演面（m）。对称操作为： 非常容易理解。首 ...
- 空间群实战分析（一）
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- 做一些工程材料的研究或许不需要懂得深奥的群论，但如果看不懂国际表的空间群记号，则会有些麻烦。 空间群是描述晶体拥有的对称性的工具。点群则可以简单看成适用于分子。理想晶体是无限大的，所以沿着三个晶轴方向均有平移对称性。相对于分子而言，晶体可以产生一些新的对称性，例如螺旋轴，滑移面等。如果一个分子沿 ...
- Siesta 能带结构计算中的 K 点坐标
- Siesta 这个免费的第一性原理计算程序总体说是不错的，但手册做得挺简陋。关于能带计算，只给了一个面心立方的例子，网上其他资源包括教程里面也全都是面心立方。问题是，一旦体系不是面心立方的，该怎么计算能带呢？除了面心立方，别的都不会了怎么行。 不妨考虑一个简单正交的原胞，三个方向上的晶格常数分别为 ...
- Word 和 Latex 同时使用 Zotero 管理参考文献
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- 与他人合作论文难免遇到软件不统一的情况。一种可能性是：三人合作，其中两人喜欢用 Latex，但第三人只会用 Word。为了大家都可以修改，就只好迁就第三人，而使用 Word。还有一种可能性是：大家都愿意使用 Latex，但却看上了 Word 的修改功能。流程是：大家先用 Word 交换修改意见，最后投稿时再改写为 Latex。 为什么还 ...
- Siesta 计算载流子有效质量
- Siesta 官方有计算半导体能带的范例。既然能带结构都算出来了，有效质量岂不一并得到？ 但事实没那么简单，因为能带图中，只要体现出不同方向倒空间长度的相对比值就可以了。比如，对于面心立方的硅，其倒格子 Gamma-L 的长度要是 Gamma-X 长度的 倍。相对正确就可以，不要求绝对的 K 值。 然而，计算有效质量需要绝对 ...
- "计算材料学" 与 "量子化学" 的鸿沟
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- 一个明显的事实是：现在有两种“计算”，而相应的科研人群也大体上分为两大类。一部分人做固体材料的计算，包括表面和催化在内，主要使用密度泛函理论（DFT）；而另一部分人做 的计算。在这两个群体中，无论是概念还是方法上都有一些差异。我对此很感兴趣，于是斗胆讨论一下，以期抛砖引玉。 首先，要注意到这两类计算存 ...
- DL_Poly Classic 编译笔记
- 到 http://ccpforge.cse.rl.ac.uk/gf/project/dl_poly_classic/frs/ 下载最新的 DL_Poly Classic cp build/MakePAR source/Makefile cd source 编辑 Makefile 注意以下部分 CC = /bin/mpicc FC= /bin/mpif90 gfortran: $(MAKE) FC= /bin/mpif90 LD= ...
- Gromacs 有机溶剂模拟 学习笔记（二）
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- 上次混合两种溶剂的方法过于笨拙，所以这次我们改用 packmol 软件来混合。 我们的目的是：用分子动力学方法证明 正 辛醇不溶于水。 packmol 在 Linux 下的安装比较简单，不再赘述。 首先下载正辛醇的拓扑文件： wget http://virtualchemistry.org/molecules/67-68-5/OPLS/oplsaaff.itp wge ...
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