系统：SUSE Linux Enterprise 10 Sp3 Desktop X86
编译器：Intel ifort 11.1
      Intel MKL 10.2
      Intel ICC 11.1
并行工具：mpich2-1.2.1
先安装编译器和并行工具，然后配置编译器环境变量：
#Amber11
setenv AMBERHOME /soft/amber11
set path=($AMBERHOME $path)
#Ifort and MKL
source /soft/intel/bin/ifortvars.csh ia32
set path=(/soft/intel/bin/ia32 $path)
setenv MKL_HOME /soft/intel/mkl
setenv LD_LIBRARY_PATH /soft/intel/mkl/lib/32
#ICC
source /soft/intel/cxx/bin iccvars.csh
set path=(/soft/intel/cxx/bin/ia32 $path)
#MPICH
setenv MPI_HOME /soft/mpich2
set path=(/soft/mpich2/bin $path)
安装Mpich2
./configure --prefix=/soft/mpich2
make && make install
在安装用户的~/目录下make文件.mpd.conf，在内加入：secretword=****
配置并行参数：
修改/etc/hosts文件，将所有节点名称及其ip地址填入 
#vi /etc/hosts   打开hosts文件，更改如下：
在 127.0.0.1    localhost下添加4行
IP-address    your-hostname
IP-address    your-hostname
IP-address    your-hostname
IP-address    your-hostname
编辑/etc/hosts.equiv添加一行加入你的hostname，使节点对其它的节点放权,如果是单机允许只要加入：localhost
实现无密码访问: 开终端，su
#ssh-keygen -d
回车
回车
"在这两个回车之间会有两行字，在~/.ssh下生成id_dsa （存放私人密匙）和id_dsa.pub（存放公用密匙）"
"进入这个目录"
cd ~/.ssh
cp id_dsa.pub authorized_keys
cd ~
ssh your-hostname
yes
多核节点设置模拟成功
完毕后#ssh-keygen -t
touch ~/mpd.conf
chmod 700 ~/mpd.conf
Amber包打补丁
打补丁：
cd $AMBERHOME
patch -p0 -N < bugfix.all
AmberTools 安装
把Amber11 AmberTools1.4 解压缩到同一个文件夹下：/soft/amber11
先安装AmberTools:
/soft/amber11/AmberTools/src> ./configure intel
/soft/amber11/AmberTools/src> make install
测试：
/soft/amber11/AmberTools/test> make test
Amber安装
/soft/amber11/src>make serial
测试：
/soft/amber11/test>make test
并行环境安装：
cd $AMBERHOME/AmberTools/src
./configure -mpi intel
cd cd $AMBERHOME/src
/soft/amber11/src> make clean
/soft/amber11/src> make parallel
测试：
cd $AMBERHOME/test
setenv DO_PARALLEL ’mpirun -np 4’
make test.parallel
安装Nvidia CUDA 环境：
cd $AMBERHOME/AmberTools/src/
make clean
./configure -cuda -mpi intel    (or gnu)
cd ../../
./AT15_Amber.py
cd src/
make clean
make cuda_parallel

Tips:
mpd可能不会自己在登录系统的时候自己启动，可以自己在添加：
computer-->control center-->sessions-->startup programs-->add.....--> /soft/mpich2/bin/mpdboot

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