IGV（The intergrative Genomics Viewer）是生物信息学中常用的结果可视化软件。我们在使用bwa或者bowtie2将转录组测序文件比对到参考基因组上获得sam文件后，需要将sam文件通过samtools软件转为bam文件。bam文件为二进制文件，里面包含了测序文件比对到参考基因组上的信息。

        但是，我们在linux或者window上无法查看bam文件，因此需要有一个软件能够为我们提供查阅的方式，这就是IGV的作用。在使用IGV时，我们必须对bam文件进行排序，常用的为：samtools sort *.bam 。对bam文件排序是必须的步骤。否则在构建索引（samtools index）时会报错。只有排序，并且建立索引后的bam文件，才能导入IGV中。同时在构建索引后，生成的*.bam.bai文件必须与*.bam文件在同一级目录中。

        关于sort的理解，是将比对后的序列信息按照染色体序列的顺序排好，这样方便我们的可视化查阅。