科学网—muzi0202的博文

微生物菌群多样性-注释数据库（原核微生物）

李娟 2021-4-26 08:08

前一篇文章为大家介绍了在进行菌群多样性研究中的时候需要进行OTU的聚类，在聚类后选择OTU集中的OTU代表序列比对数据后就可以得到物种信息了。但是，比对哪个数据库才能得到比较好的注释结果呢？今天我们就为大家介绍下在菌群多样性研究中常见的数据库，本篇介绍的仅为原核生物注释数据库，真核数据库后续会为的大 ...

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什么是碱基质量值？

李娟 2021-4-25 08:05

上篇文章中我们为大家介绍了，原始数据质控的原因和主要流程，其中涉及到了一个叫“碱基质量值”的概念，本文就为大家讲一讲什么叫做碱基质量值。碱基质量中的质量非物理学中的“质量”，碱基质量值（quality score，Q-score），在生物物理学中是碱基识别出错概率的整数映射， Q=-10*lgP，其中P为碱基识别出错的 ...

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微生物菌群多样性研究—原始数据质控

李娟 2021-4-24 08:17

今天我们继续更新在微生物多样性研究过程中涉及到的知识点和常见的分析方法辨析。希望能给初入研究的小白在连载中滤清思路、获得启发。菌群多样性分析是通过测序技术对微生物基因组中的marker基因（细菌为16S序列，真菌为18S或ITS序列）全长区段或部分区段进行测序从而得到环境样本中微生物种类和丰度信息的，基于现在 ...

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微生物多样性研究10步走（第一步）-OTU聚类与注释

李娟 2021-4-23 08:08

家好，从今天起密码子将开设一个新的连载模块--微生物多样性研究10步走，内容包括在进行微生物多样性研究的过程中涉及到的知识点和常见的分析方法辨析。希望本连载能给初入研究的小白滤清思路、获得启发。通常微生物多样性分析都是基于二代测序技术来实现的。二代测序的上机、建库等实验流程我们暂且不聊，我们从拿到 ...

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进化分析 l cgMLST介绍（一）

李娟 2021-4-22 08:00

一、 cgMLST数据能用来做什么？ cgMLST利用高密度的核心基因组作为标记，构建高分辨率的物种分型结果，对于菌种鉴定及流行病学研究而言贡献了大量重要的数据基础，具体包括： 1. 提供了目标物种的权威核心基因（core gene）列表 2. 对测序菌株进行序列分型和菌种鉴定 3. 对传染病的爆发时间进行解释、预测和印证 4 ...

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MySql外键一对一，一对多，多对多表关系

李娟 2021-4-21 08:07

接上期： MySQL安装及基本使用表与表之间建立关系：把所有数据都存放于一张表的弊端： 1.组织结构不清晰 2.浪费硬盘空间 3.扩展性极差查找表关系一定要换位思考，就是要站在两张表角度全部考虑完毕才能下结论，否则无法的出正确答案。单向的多对一，就是一对多的外键关系。一对多：简单举个例 ...

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MySQL安装及基本使用

李娟 2021-4-16 08:26

数据库概念：　　平时我们把数据随意的存在了一个文件夹中，数据的格式也是千差万别的；数据都只是保存在本地的计算中，刚开始每台计算机都有自己的数据库，都有自己存数据的地方，但是呢数据不能交互，现在呢单独创建一个服务器，其它所有的客户端只要有数据就基于网络发到服务器上面储存起来，当你客户端想要什么的时 ...

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菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？

李娟 2021-4-15 08:05

更多案例分享：菌群多样性分析能解答哪些科学问题？比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容： 1. 研究环境样本中微生物的构成与丰度； 2. 研究环境样本中的功能基因信息及丰度； 3.研究不同环境样本间细菌群落、功能组成 ...

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菌群多样性分析能解答哪些科学问题？

李娟 2021-4-14 08:35

更多案例分享：比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用微生物基因组研究文章解读-（耐药基因）微生物基因组研究文章解读-2 微生物多样性研究内容： 1. 研究环境样本中细菌的组成和丰度； 2. 研究不同环境样本间细菌群落组成及丰度的差异 ...

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比较基因组学在细菌基因组中的应用

李娟 2021-4-13 08:03

更多案例分享：基因组测序在细菌基因组中的应用微生物基因组研究文章解读-（耐药基因）微生物基因组研究文章解读-2 Hello，大家好，今天给大家介绍基因组测序中的比较基因组学的应用范围，干货满满哦！比较基因组应用范围： 1.寻找基因/基因簇的来源与进化历程，发现基因的功能适应性以及新的基因 ...

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