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【Cytoscape经验谈】节点批量上色&网络图背景颜色调整
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来了来了！五角星又带着绘图小课堂来啦！
最近呢，五角星同学忙活着帮一个小伙伴用Cytoscape绘图，看着密密麻麻的数据通过一步一步的操作变成了高level的可视化的网络图，成就感飙升。（因为绘制好的图还没有投稿，所以没办法拿出来给大家炫耀了~）
在这次使用Cytoscape的过程中，踩了不少雷，也发掘到了很多小技巧，本期就分享给大家，赶快拿好小本子记下来。
1 Discrete mapping自动填充颜色 我们都知道要绘制一个好看的数据分析图有两大要素：一，排布方式；二，配色。排布暂且不谈，仅是配色就足够让人头秃了，配色饱和度太高，大红大绿未免土气，配色饱和度低呢，比如说前阵子大火的莫兰迪配色，应用在科研领域又未免过于平淡，看不出趋势，挑不出重点。 在Cytoscape中应用颜色较多的设置项就是节点颜色了，在节点颜色的设置上用得最多的有两种映射方式，一种是Continuous mapping，用于属性信息是数据的情况，还有一种是Disrete mapping，用于属性信息是分类数据的情况。 Continuous mapping是用连续的颜色渐变来展示数据，最多设置3个颜色就差不多了，对于掌握整体的配色难度不大。 Disrete mapping就不一样了，这种映射是根据分组信息进行颜色设置，有多少分组就需要设置多少颜色，如果分组多，配起色来难度很大，对审美要求很高！ 有没有现成的配色送上门？有！这个功能藏得很深，一般人找不到~ 比如说，这个图是通过StringAPP插件生成的。不同ID号的节点都填充上了不同的颜色。 如果要进行颜色的修改，一个一个改，并且还要想好配色关系，非常费时。 此时，在“Fill color”所在设置框中的任意位置右击鼠标，选择“Mapping Value Generators”，接着就界面上就会展示多个配色方式，供我们选择，可以切换配色方式实现对网络图整体的颜色风格修改。 （Color Brewer Accents） （Color Brewer Dark Colors） （Color Brewer Pastel1 colors） （Color Brewer Set2 colors） 是不是超级方便？ 2 网络图背景色设置
今年8月发表的一篇文章为我们展示了这样的一张图，在图片的配色上其实比较简单，仅使用了白、粉、红三类颜色，，但是由于作者给网络图添加了一个浅灰色背景，不仅使图的清晰度提高了，还提高了文章的“档次”。
（doi:10.3390/ijms21197414）
很多人以为这种加背景的操作是借助AI完成，其实不是，在Cytoscape控制面板“Style”中，选择“network”既可以实现对整个网络背景的设置了。
默认背景：白色
修改后：灰色背景
注意：
自今年8月份更新了Cytoscpe3.8.0及其以后的版本，新增了一个新功能--在导出网络图为图片时可以自主选择导出的图片是否为透明背景，如果你的网络图已经设置好了背景颜色，一定要将“Transparent Backgroud”取消勾选，不然好不容易设置好的背景就又变透明了~
好啦，今天分享的两个网络图绘图小技巧就介绍完了，其实在使用Cytoscape的时候容易踩雷的小地方也不少，下期绘图小课堂就为大家盘一盘操作的雷坑，弯路少走，科研自然就高效起来了！
什么？你还不知道Cytoscape是什么，那你真该好好补补课了！密码子学院Cytoscape课程已上线多个课程平台，从数据准备到网络图美化全包含，赶快来看看吧！ 另外Cytoscape系列高阶-PPI网络图绘制课程即将上线，敬请期待~
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