研究人员介绍，染色质相关蛋白维持染色体完整性和基因调控，但这些蛋白在全基因组范围的构架尚不清楚。

研究人员使用染色质免疫沉淀、核酸外切酶消化和DNA测序（ChIP-exo/seq）来定义了酿酒酵母中的这种构架。

研究人员确定21套图谱，由大约400种不同的蛋白质组成，这些蛋白质与DNA复制、着丝粒、亚端粒，转座子和RNA聚合酶（Pol）I、II和III的转录有关。复制蛋白包裹核小体，着丝粒缺少核小体，而阻抑蛋白在亚端粒X元件处包含三个核小体。

研究人员发现与Pol II相关的大多数启动子进化为调控区域的缺失，并且只有一个核心启动子。这些组成型启动子包含与+1核小体相邻的短无核小体区域（NFR），它们一起结合转录起始因子TFIID，从而形成预起始复合物。

位置确定的绝缘子可以保护核心启动子免受上游事件的影响。一小部分启动子进化出了可诱导性的体系结构，从而序列特异性转录因子（ssTFs）形成了一个不同于NFR的核小体缺失区（NDR）。

研究人员描述了ssTFs之间的结构相互作用、其同源辅因子和基因组。这些相互作用包括核小体和转录调节子RPD3-L、SAGA、NuA4、Tup1、中介体和SWI-SNF。

令人惊讶的是，研究人员没有检测到ssTFs和TFIID之间的相互作用，这表明这种相互作用不是稳定发生的。

这项研究建立的基因诱导模型包含了ssTFs、辅因子和通用因子，例如TBP和TFIIB，但不包括TFIID。相比之下，组成型转录涉及TFIID，但不涉及与其辅因子结合的ssTF。由此，研究人员定义了一个由ssTFs调控的高度集成网络。 

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41586-021-03314-8