科学网

 找回密码
  注册
搜索
热搜: 科学 论文
搜索
扩增子分析流程
王蓓蓓 2019-4-21 20:08
总目录 http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==hid=4sn=85f768f81736c77cadb1952cb3dd8ff7scene=18#wechat_redirect QIIME的虚拟机安装 https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==mid=2247483675idx=1sn=ffa42b6f5dd32b867bae247021d8e975scene=19#wecha ...
个人分类: 生物统计软件|2099 次阅读|没有评论
qiime2系列
王蓓蓓 2019-4-12 20:38
QIIME 2:可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程 https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/85047894 QIIME 2用户文档. 1简介和安装(2018.11) https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/85047833 QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11) ...
个人分类: 生物统计软件|1702 次阅读|没有评论
Striped UniFrac
王蓓蓓 2018-11-8 09:38
参考: https://www.nature.com/articles/s41592-018-0187-8#MOESM6 https://github.com/biocore/unifrac 这是一种更快速,占用内存更少的计算UniFrac距离矩阵的方法,支持unweighted UniFrac,weighted UniFrac, generalized UniFrac, variance adjusted weighted ...
个人分类: 生物统计软件|1867 次阅读|没有评论
两个计算aligment-free距离矩阵的程序
王蓓蓓 2018-10-9 18:31
1. CAFE,参考 https://github.com/younglululu/CAFE 2. AlignmentFree,参考 https://github.com/GeniusTang/AlignmentFree 此软件由Tang et al.编写,据说比CAFE快40倍左右,所以安装尝试一下 下面是在Ubuntu16.04中的安装: (1) AlignmentFree程序是在python3的基础上编写的,需要python3的三 ...
个人分类: 生物统计软件|1112 次阅读|没有评论
ubuntu中安装tqDist
王蓓蓓 2018-7-28 15:15
安装教程及其他参考 http://users-cs.au.dk/cstorm/software/tqdist/ 具体如下: wget http://users-cs.au.dk/cstorm/software/tqdist/files/tqDist-1.0.1.tar.gz cd path-to-file tar -xvf tqDist-1.0.1.tar.gz cd ./tqDist-1.0.1/ cmake . make make test make install 若没有安装cmake ...
个人分类: 生物统计软件|1187 次阅读|没有评论
使用QIIME分析微生物群落的16S rRNA序列(fastq格式序列)
王蓓蓓 2018-5-31 10:01
参考 http://nbviewer.jupyter.org/github/biocore/qiime/blob/1.9.1/examples/ipynb/illumina_overview_tutorial.ipynb https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838 下载数据 创建文件夹emp-single-end-sequences: mkdiremp-single-end-sequences fastq格式的序列文件: ...
个人分类: 生物统计软件|4237 次阅读|没有评论
R语言中安装biom包,读取.biom文件
王蓓蓓 2018-5-29 10:39
biom格式介绍 http://biom-format.org/ biom格式与txt格式转换 http://biom-format.org/documentation/biom_conversion.html 由于R-3.3.1无法直接使用 install.packages(biom) 安装该包,故采用如下方法安装 在 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/biom/ 下载biom_0.3.12.tar.gz,或在 ...
个人分类: 生物统计软件|11142 次阅读|没有评论
使用QIIME分析微生物群落的16S rRNA序列(fasta格式序列)
王蓓蓓 2018-5-26 19:02
参考文章Kuczynski J, Stombaugh J, Walters W A, et al. Using QIIME to analyze 16S rRNA gene sequences from Microbial Communities . Current protocols in bioinformatics / editoral board, Andreas D. Baxevanis. , 2011, Chapter 10:Unit 10.7. 以及 http://qiime.org/tutoria ...
个人分类: 生物统计软件|12007 次阅读|没有评论
Ubuntu中安装QIIME2
王蓓蓓 2018-5-23 14:09
官方网站 https://docs.qiime2.org/2018.4/ 中文安装帮助文档 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838 安装教程 https://blog.csdn.net/metlab_work/article/details/77920279 此处为按照教程安装的情况以及出现的问题 前期准备 : 进入Ubuntu系统,保持网络畅通 过程中出现有 ...
个人分类: 生物统计软件|5213 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-11-30 09:24

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部