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- Tcl语言中的set auto_path command
- 在vmd使用Tcl语言的时候，我们经常需要调用一些额外的软件包，调用不恰当的时候经常会出现can not find package xxx的问题，这时候我们可以通过把需要调用包的绝对路径写在auto_path中来解决这一问题： 来源： https://wiki.tcl-lang.org/page/auto_path auto_path $auto_path , one of the variables &nbs ...
- [转载]Tcl语言中的控制结构命令
- 本文转载自： https://www.cnblogs.com/huguodong/p/5882597.html （转载请注明） 一、引言 控制结构允许程序根据不同的状态、条件和参数来选择不同的处理和执行路径，从而使代码具有更强的灵活性、健壮性和可读性。 Tcl 提供了 if 、 if/else 、 if/elseif 、 foreach 、 for 、 while ...
- [转载]VMD里原子选择语句的语法和例子
- VMD里原子选择语句的语法和例子 转载自： http://sobereva.com/504
- Tcl language ---foreach 与for command
- foreach命令实现一个循环，其中循环变量采用一个或多个列表中的值。在最简单的情况下，有一个循环变量varname和一个列表list，这是要分配给varname的值的列表。body参数是Tcl脚本。对于列表中的每个元素（从头到尾的顺序），foreach都将元素的内容分配给varname，就像使用lindex命令提取元素一样，然后调用Tcl解释器执行主 ...
- Mean squared displacement----均方位移
- 参考： https://en.wikipedia.org/wiki/Mean_squared_displacement 在统计力学中，均方位移（MSD，均方位移或均方波动）是粒子随时间移动后的位置相对于参考位置的偏差的量度。它是随机运动中空间范围的最常见度量，可以被认为是对随机行者“探索”的系统部分进行度量。在生物物理学和环境工程领域，均方根位移是随时间 ...
- Molecules (Mol) Form--VMD
- Mol或者 Molecules样式 显示了加载分子的整体状态。VMD可以同时显示任意数量的分子。每个分子都可以单独隐藏起来，固定在适当的位置（例如，避免受到鼠标旋转命令的影响）。Form包含用于改变分子（单独或成组）状态的控件。 位于中心的browser显示有关每个分子的信息。The Name 是包含拓扑信息的 ...
- 最小二乘法-维基百科
- 最小二乘法相关资料： https://blog.csdn.net/ccnt_2012/article/details/81127117 最小二乘法-维基百科： https://zh.wikipedia.org/zh/%E6%9C%80%E5%B0%8F%E4%BA%8C%E4%B9%98%E6%B3%95 最小二乘法 - 维基百科，自由的百科全书.pdf
- 将msi2lmp生成的水分子模型的data文件转化为TIP4P的格式--python code
- 在Material studio中建立的水分子模型可以用通过msi2lmp小工具转化为lammps可读的data文件，但是在做水分子模拟的时候，尤其是水分子模型为TIP4P时，同一个H2O分子中的O跟2个H原子必须紧挨着排列，下面这个代码就是进行格式转化： tran.py
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